R XML 包中的 htmlParse() 段错误错误：“内存未映射”答案

【问题标题】：htmlParse() segfault error in R XML package: 'memory not mapped'R XML 包中的 htmlParse() 段错误错误：“内存未映射”
【发布时间】：2011-03-23 19:05:56
【问题描述】：

我正在使用 R 2.11.1 和 XML 包 3.1-0，当我遇到段错误错误时，我正在查看来自 R2GoogleMaps 的示例。

#library(RJSONIO)
library(R2GoogleMaps)
library(XML)
#library(RCurl)

load("b.rda") # find in the sampleDocs folder in source file of R2GoogleMaps

center = c(mean(range(b$lat)), mean(range(b$long)))
code = addOverlay(gpolyline(b))

d = googleMapsDoc(code, center, zoom = 11, dim = c(750, 700), file = "simplePolyline.html")

下面是一个容易重现的代码，它得到了同样的错误：

> library(XML)
> a <- htmlParse("http://bm2.genes.nig.ac.jp/RGM2/R_current/library/XML/man/xmlTreeParse.html")
> a

 *** caught segfault ***
address 0x55aa44, cause 'memory not mapped'

Traceback:
 1: .Call("RS_XML_dumpHTMLDoc", doc, as.integer(indent), as.character(encoding),     as.logical(indent), PACKAGE = "XML")
 2: saveXML(from)
 3: saveXML(from)
 4: asMethod(object)
 5: as(x, "character")
 6: cat(as(x, "character"), "\n")
 7: print.XMLInternalDocument(<pointer: 0x1016363f0>)
 8: print(<pointer: 0x1016363f0>)

Possible actions:
1: abort (with core dump, if enabled)
2: normal R exit
3: exit R without saving workspace
4: exit R saving workspace
Selection: 1
aborting ...

Process R segmentation fault at Sat Jul 31 22:07:02 2010

问题似乎还在于对htmlParse() 文件执行saveXML()。

当我编写另一个使用htmlParse() 的代码时，我不记得曾经遇到过这个问题（尽管我不记得我是否明确调用了htmlParse() 对象）。所以我不完全确定这是否是最近的问题。当时和现在的唯一区别（我记得）是我从源代码安装了许多OmegaHat packages。

我很好奇是否有其他人收到此错误。为了探究原因是否与我的笔记本电脑有关，我已经重新启动并升级了我的操作系统作为基本步骤。可能是什么问题？谢谢。

编辑：仅供参考：

> sessionInfo()
R version 2.11.1 (2010-05-31) 
x86_64-apple-darwin9.8.0 

locale:
[1] C

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  grid      methods  
[8] base     

other attached packages:
[1] XML_3.1-0     digest_0.4.2  reshape_0.8.3 plyr_0.1.9    proto_0.3-8  

loaded via a namespace (and not attached):
[1] ggplot2_0.8.7

【问题讨论】：

标签： memory r segmentation-fault html-parsing

【解决方案1】：

我认为几乎按照定义，分段错误构成了错误。你的例子对我有用（见下文）。

我会 (a) 确保您拥有最新版本的 XML 并且错误仍然在那里发生； (b) 联系 XML 包的维护者（试试

维护者（“XML”） ) 并提供您的示例和 sessionInfo() 的结果

祝你好运。

=============

库（XML）一个 http://bm2.genes.nig.ac.jp/RGM2/R_current/library/XML/man/xmlTreeParse.html")

会话信息（） R 版本 2.11.1 (2010-05-31) i486-pc-linux-gnu

语言环境： [1] LC_CTYPE=en_US.UTF-8 LC_NUMERIC=C
[3] LC_TIME=en_US.UTF-8 LC_COLLATE=en_US.UTF-8
[5] LC_MONETARY=C LC_MESSAGES=en_US.UTF-8
[7] LC_PAPER=en_US.UTF-8 LC_NAME=C
[9] LC_ADDRESS=C LC_TELEPHONE=C
[11] LC_MEASUREMENT=en_US.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C

附加的基础包： [1] 统计图形 grDevices 实用程序数据集网格方法
[8] 基地

其他附加包： [1] XML_3.1-0 reshape_0.8.3 plyr_1.0.3 proto_0.3-8

通过命名空间加载（未附加）： [1] ggplot2_0.8.8

【讨论】：

糟糕，我看到您确实指定了您的 XML 版本（这似乎是最新的）
谢谢本。联系包的创建者可能是最好的选择。