按 2 列连接 2 个文件，使用 awk 保留所有记录

Question

我有 2 个文件需要基于 2 列进行合并。我尝试使用 awk 并尝试使用 _ 组合两列，然后使用 join 命令。使用join时，有些记录即使排序后也没有匹配到，产生了多条记录。使用 awk awk 'NR==FNR{a[$1,$2]=$3;next} ($1,$2) in a{print $0, a[$1,$2]}' file 1 file 2 我可以正确匹配文件，但当不存在匹配项时，无法将输出打印为零。

文件 1：

chr   pos   SNP#
1     124   1
1     237   2
1     356   3  
2     107   4
2     224   5

文件 2：

chr   pos   SNPHD
1     12    1
1     56    2
1     124   3
1     160   4
1     237   5
1     256   6  
1     354   7
2     107   8
2     185   9
2     224   10

期望的输出：

chr   pos   SNP#   SNPHD
1     12    0      1
1     56    0      2
1     124   1      3
1     160   0      4
1     237   2      5
1     256   0      6
1     354   0      7
1     356   3      0
2     107   4      8
2     185   0      9
2     224   5      10

任何帮助将不胜感激，我是大数据文件和 unix 的新手！

Answer 1

awk 'NR==FNR{a[$1FS$2]=$3;next}
    {k=$1FS$2;print k,(a[k]?a[k]:a[k]*1),$3;delete a[k]}
     END{for(k in a)print k,a[k],"0"}' f1 f2

结果未排序：

chr pos SNP# SNPHD
1 12 0 1
1 56 0 2
1 124 1 3
1 160 0 4
1 237 2 5
1 256 0 6
1 354 0 7
2 107 4 8
2 185 0 9
2 224 5 10
1 356 3 0

为了更好的格式，您可以将结果通过管道传递给column -t，如果需要也可以对其进行排序