选择节点以使用 Kubernetes 执行 Nextflow 工作流

Question

我可以访问具有大量节点的集群。我正在使用以下命令运行我的 Nextflow 工作流程：

./nextflow kuberun user/repo -c nextflow.config -profile kubernetes -v my_pvc:/mounted_path -with-report _report.html -with-trace _trace

我想在一组特定的节点上运行我的 nextflow 工作流程。我已经标记了我感兴趣的节点：

kubectl label nodes node1 disktype=my_experiment
kubectl label nodes node2 disktype=my_experiment
kubectl label nodes node3 disktype=my_experiment

我从 Nextflow 和 Kubernetes 文档中无法理解如何安排我的工作流程，而这些流程在我感兴趣的节点之间进行拆分。

我只了解如何使用 kubernete：https://kubernetes.io/docs/concepts/overview/working-with-objects/labels/

但不是nextflow kuberun 命令的用法。

非常感谢任何帮助，谢谢！

Answer 1

使用一个或多个 process selectors 和 pod directive 使用 pod 标签选择节点。例如，可以将以下内容添加到您的“kubernetes”配置文件中：

process {

    withName: my_process {
        pod {
            nodeSelector = 'disktype=my_experiment'
         }
     }
    ...
}