Snakemake 显式处理内存不足 (OOM) 故障

Question

Snakemake 工作流程可以在任何类型的故障后重新尝试每次重新启动，包括如果错误是由于内存不足 (OOM) 造成的，例如

def get_mem_mb(wildcards, attempt):
    return attempt * 100

rule:
    input:    ...
    output:   ...
    resources:
        mem_mb=get_mem_mb
    shell:
        "..."

Snakemake 中是否有像 NextFlow 那样显式处理与内存相关的错误。例如何时退出错误与内存相关（LSF 系统中为 137）？

process foo {

    memory { 2.GB * task.attempt }
    time { 1.hour * task.attempt }

    errorStrategy { task.exitStatus in 137..140 ? 'retry' : 'terminate' }
    maxRetries 3

    script:
    <your job here>

}

我在任何地方都找不到此信息，

谢谢

Answer 1

我不确定 Snakemake 是否有明确的方法来处理内存不足错误。但是，您的代码示例中的内存功能是我使用 Snakemake 处理内存问题所做的。

要使用该功能，您需要在执行 Snakemake 时提供--rerun-incomplete 选项，以便重新运行失败的作业。您可以使用--restart-times 控制 Snakemake 重试的次数。