如何用另一个文件的值替换文件的值？答案

【问题标题】：How to replace the values of a file by the values of another file?如何用另一个文件的值替换文件的值？
【发布时间】：2019-10-27 03:09:40
【问题描述】：

我解释我的问题：

我有两个文件，一个看起来像这样（它是一个 .tsv 文件，每一行的列数不一定相同）：

OTU0001 Archaea
OTU0002 Archaea;Aenigmarchaeota;Deep Sea Euryarchaeotic Group(DSEG);uncultured archaeon
OTU0003 Archaea;Altiarchaeales;uncultured euryarchaeote
OTU0004 Archaea;Bathyarchaeota;uncultured archaeon
OTU0005 Archaea;Diapherotrites;uncultured euryarchaeote
OTU0006 Archaea;Euryarchaeota;Halobacteria;Halobacteriales;Halobacteriaceae;uncultured
OTU0007 Archaea;Euryarchaeota;Halobacteria;Halobacteriales;Halobacteriaceae;uncultured;marine metagenome

每一行都以 OTUXXXX 开头，并且此 id 始终位于第一列。

另一个文件是 .tsv 文件，包含 3 列：

OTU3978 UniRef90_A0A010P3Z8 0.846
OTU0006 UniRef90_A0A010P3Z8 0.855
OTU4929 UniRef90_A0A010P3Z8 0.829
OTU4317 UniRef90_A0A011P550 0.85
OTU4816 UniRef90_A0A011P550 0.807
OTU3902 UniRef90_A0A011QPQ2 0.836
OTU3339 UniRef90_A0A011RKI6 0.835
OTU1359 UniRef90_A0A011RLA7 0.801
OTU2085 UniRef90_A0A011RLA7 0.843
OTU3542 UniRef90_A0A011RLA7 0.866

我想将第二个文件中的每个 OTUXXX 替换为第一个文件的第二列。例如，它应该给出（对于第二个文件的第二行）：

OTU0006UniRef90_A0A010P3Z8 0.855 变成：

Archaea;Euryarchaeota;Halobacteria;Halobacteriales;Halobacteriaceae;uncultured UniRef90_A0A010P3Z8 0.855

在 bash 中可以吗？

编辑：

我可以用那个替换列

awk 'FNR==NR{a[NR]=$2;next}{$1=a[FNR]}1' f1 f2

但它不是'自动'，文件1的第一行会匹配文件2的第一行...根据OTUXXX的值没有变化

【问题讨论】：

你有尝试过吗？
实际上，我可以用 awk 'FNR==NR{a[NR]=$2;next}{$1=a[FNR]}1' f1 f2 替换列。但它不是“自动”的，文件 1 的 first 行将与文件 2 的 first 行匹配......根据“OTUXXX”的值 ...
请在您的问题中发布此awk 代码作为您的尝试，以便更容易理解您想要实现的目标以及问题所在。

标签： bash file awk

【解决方案1】：

你已经很接近了。你也许可以使用这个awk：

awk 'NR == FNR {a[$1] = $2; next} $1 in a{$1 = a[$1]} 1' f1 f2

OTU3978 UniRef90_A0A010P3Z8 0.846
Archaea;Euryarchaeota;Halobacteria;Halobacteriales;Halobacteriaceae;uncultured UniRef90_A0A010P3Z8 0.855
OTU4929 UniRef90_A0A010P3Z8 0.829
OTU4317 UniRef90_A0A011P550 0.85
OTU4816 UniRef90_A0A011P550 0.807
OTU3902 UniRef90_A0A011QPQ2 0.836
OTU3339 UniRef90_A0A011RKI6 0.835
OTU1359 UniRef90_A0A011RLA7 0.801
OTU2085 UniRef90_A0A011RLA7 0.843
OTU3542 UniRef90_A0A011RLA7 0.866

【讨论】：