【问题标题】:How do I resample a high-resolution GRIB grid to a coarser resolution using xESMF?如何使用 xESMF 将高分辨率 GRIB 网格重新采样为更粗略的分辨率?
【发布时间】:2021-05-16 13:30:56
【问题描述】:

我正在尝试使用 xESMF 包将一组 0.25 度分辨率的 GRIB2 数组重新采样到更粗略的 0.5 度分辨率(xarray 的粗化方法在这里不起作用,因为纬度中有奇数个坐标)。

我已经通过 pygrib 包将 GRIB 数据转换为 xarray 格式,然后将我需要的特定网格子集化出来:

fhr = 96

gridDefs = {
    "0.25": 
        {'url': "https://noaa-gefs-retrospective.s3.amazonaws.com/landsfc.pgrb2.0p25"},
    "0.5": 
        {'url': "https://noaa-gefs-retrospective.s3.amazonaws.com/landsfc.pgrb2.0p50"},
}

fileDefs = {
    "0.25":
        {'url': "https://noaa-gefs-retrospective.s3.amazonaws.com/GEFSv12/reforecast/2019/2019051900/c00/Days%3A1-10/tmp_pres_2019051900_c00.grib2",
         'localfile': "tmp_pres.grib2"},
    "0.5":
        {'url': "https://noaa-gefs-retrospective.s3.amazonaws.com/GEFSv12/reforecast/2019/2019051900/c00/Days%3A1-10/tmp_pres_abv700mb_2019051900_c00.grib2",
         'localfile': "tmp_pres_abv_700.grib2"},
}

def grib_to_xs(grib, vName):
    arr = xr.DataArray(grib.values)
    arr = arr.rename({'dim_0':'lat', 'dim_1':'lon'})
    xs = arr.to_dataset(name=vName)
    return xs

gribs = {}

for key, item in gridDefs.items():
    if not os.path.exists(item['url'][item['url'].rfind('/')+1:]):
        os.system("wget " + item['url'])
    lsGrib = pygrib.open(item['url'][item['url'].rfind('/')+1:])
    landsea = lsGrib[1].values
  
    gLats = lsGrib[1]["distinctLatitudes"]
    gLons = lsGrib[1]["distinctLongitudes"]
    
    gribs["dataset" + key] = xr.Dataset({'lat': gLats, 'lon': gLons})

    lsGrib.close()

for key, item in fileDefs.items():
    if not os.path.exists(item['localfile']):
        os.system("wget " + item['url'])
        os.system("mv " + item['url'][item['url'].rfind('/')+1:] + " " + item['localfile'])

for key, item in fileDefs.items():        
    hold = pygrib.open(item['localfile'])
    subsel = hold.select(forecastTime=fhr)
    
    #Grab the first item
    gribs[key] = grib_to_xs(subsel[1], "TT" + key)
    
    hold.close()

上面的代码在两个网格域(0.25 和 0.5)下载两个常量文件(landsfc),然后在每个分辨率下下载两个 GRIB 文件。我正在尝试将 0.25 度 GRIB 文件 (tmp_pres.grib2) 重新采样为 0.5 度域:

regridder = xe.Regridder(ds, gribs['dataset0.5'], 'bilinear')
print(regridder)
ds2 = regridder(ds)

我的问题是我在尝试使用 regridder 时生成了两条警告消息:

/media/robert/HDD/Anaconda3/envs/wrf-work/lib/python3.8/site-packages/xarray/core/dataarray.py:682: FutureWarning: elementwise comparison failed; returning scalar instead, but in the future will perform elementwise comparison
  return key in self.data
/media/robert/HDD/Anaconda3/envs/wrf-work/lib/python3.8/site-packages/xesmf/backend.py:53: UserWarning: Latitude is outside of [-90, 90]
  warnings.warn('Latitude is outside of [-90, 90]')

输出的 xarray 确实有正确的坐标,但是网格内的值偏离了(在更高分辨率网格的最大值/最小值之外),并显示出这些没有物理意义的奇怪条带模式。

我想知道的是,这是使用 xEMSF 升级阵列的正确过程吗?如果不是,我将如何解决这个问题?

任何帮助将不胜感激,谢谢!

【问题讨论】:

    标签: python python-xarray grib


    【解决方案1】:

    我建议首先尝试保守而不是双线性(在他们的文档中推荐),也许检查你是否正确使用了参数,因为它似乎有问题,我的第一个猜测是你正在做的事情会移动由于某种原因纬度,我将文档链接留在这里,希望有人知道更多。

    Regridder 文档: https://xesmf.readthedocs.io/en/latest/user_api.html?highlight=regridder#xesmf.frontend.Regridder.__init__

    Upscaling 推荐(搜索 upscaling,也有提高分辨率的指南): https://xesmf.readthedocs.io/en/latest/notebooks/Compare_algorithms.html?highlight=upscaling

    【讨论】:

    • 感谢您的回复。我查看了文档,并基于上面的原始解决方案。我尝试使用保守的方法,但得到一个 xarray 错误,说:`AttributeError:'get_bounds'不是底层 xarray 对象的有效属性。 ` 我试图通过将 lat/lon 重命名为它们的全名而不是简写名称来解决这个问题,但出现了同样的错误,我无法使用 xESMF 在线提取对此错误的任何引用。
    【解决方案2】:

    感谢 MASACR 99 提供的文档链接和建议,我能够对 xESMF 包进行更多挖掘,并从包作者 (https://github.com/geoschem/GEOSChem-python-tutorial/blob/main/Chapter03_regridding.ipynb) 那里找到重采样方法的工作示例,我的问题得到了解决通过两个变化:

    1. 我将方法从双线性更改为保守(这还需要在输入数组中添加两个字段(纬度和经度的边界)。
    2. 我不必直接将被重采样的变量传递给重采样器,而是必须定义两个固定网格来创建重采样器,然后传递各个变量。

    为了解决第一个变化,我创建了一个新函数来给我边界变量:

    def get_bounds(arr, gridSize):    
        lonMin = np.nanmin(arr["lon"].values)
        latMin = np.nanmin(arr["lat"].values)
        lonMax = np.nanmax(arr["lon"].values)
        latMax = np.nanmax(arr["lat"].values)
        
        sizeLon = len(arr["lon"])
        sizeLat = len(arr["lat"])
        
        bounds = {}
        
        bounds["lon"] = arr["lon"].values
        bounds["lat"] = arr["lat"].values
        bounds["lon_b"] = np.linspace(lonMin-(gridSize/2), lonMax+(gridSize/2), sizeLon+1)
        bounds["lat_b"] = np.linspace(latMin-(gridSize/2), latMax+(gridSize/2), sizeLat+1).clip(-90, 90)
        
        return bounds
    

    对于第二个更改,我修改了 regridder 定义和应用程序以使用静态定义的网格,然后将所需的变量传递给 resample:

    regridder = xe.Regridder(get_bounds(gribs['dataset0.25'], 0.25), get_bounds(gribs['dataset0.5'], 0.5), 'conservative')
    print(regridder)
    ds2 = regridder(ds)
    

    【讨论】:

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