【问题标题】:PANDAS Quantiles different answer depending on how we ask itPANDAS Quantiles 不同的答案取决于我们如何提问
【发布时间】:2020-09-29 08:43:50
【问题描述】:

两天前的新问题。

当您拥有大量数据时,PANDAS 可以让您在生成统计信息的同时就地过滤数据,因此您不必为所有数据创建新的数据框。现在,我怀疑这样做有细微差别,因为做事有两种不同的方式——一种是“聪明”的方式,一种是“明确”的方式,给了我非常不同的答案,一种显然是正确的(明确的),一个显然是错误的(聪明的方法)。

有人可以指出我所缺少的方向吗?

这里是详细信息。

我有 250 万行数据,描述了一系列不同设备类型的故障时间。其中两个的描述性统计数据如下。 (注意这些实际上是采矿设备,但我必须对某些东西进行消毒,所以我已经替换了名称。

                                   Count        Min        Mean          Max
CC_CauseLocationEquipmentType                                           
Coffee Machines                    204136  0.000556   71.797146  23407.41667
Blenders                            52424  0.008333  750.880591  23077.79167

如果我尝试获取设备故障时间的分位数,请使用

print(df2.groupby("CC_CauseLocationEquipmentType").quantile([.1, .25, .5, .75,0.9,0.95,0.99,0.99999]))

然后我看到以下分位数。

                                            CC_TBF
CC_CauseLocationEquipmentType                     
Coffee Machines               0.10000     0.005556
                              0.25000     0.238889
                              0.50000     1.775000
                              0.75000     2.595833
                              0.90000     4.611389
                              0.95000     7.008125
                              0.99000    15.465278
                              0.99999    21.089619    <-- Nowhere near the max of 23407.41667
Blenders                      0.10000    57.731806
                              0.25000   394.004375
                              0.50000     0.288889
                              0.75000     7.201528
                              0.90000    51.015667
                              0.95000    83.949833
                              0.99000   123.148019
                              0.99999   133.708716    <-- Nowhere near the max of 23077.79167

这显然是不正确的,因为 99.999% 的分位数远未接近这些设备类型的最大值。 还要注意 Blender 分位数数据集中途的“重置”。我之前问过这个 Pandas quantiles misbehaving by... getting smaller partway through a range of percentiles?这仍然没有解决,但我认为这个新问题也将有助于解决这个问题。

当我单独考虑分位数时,我会得到更合理的结果。使用以下代码:

print("Quantiles - type by type - Coffee Machines")
df3=df2.loc[df2['CC_CauseLocationEquipmentType'] == "Coffee Machines"]
print(df3.quantile([.1, .25, .5, .75,0.9,0.95,0.99,0.99999]) )

print("Quantiles - type by type - Blenders")
df3=df2.loc[df2['CC_CauseLocationEquipmentType'] == "Blenders"]
print(df3.quantile([.1, .25, .5, .75,0.9,0.95,0.99,0.99999]) )

我现在明白了:

Quantiles - type by type - Coffee Machines
               CC_TBF
0.10000      0.120556
0.25000      0.608333
0.50000      2.040556
0.75000      3.494514
0.90000     18.047917
0.95000    129.798403
0.99000   1644.764861
0.99999  23003.517729   <-- Pretty darn close to the max of 23407
Quantiles - type by type - Blenders
               CC_TBF
0.10000      0.226111
0.25000      0.941667
0.50000     37.924167
0.75000    388.554444
0.90000   1955.252500
0.95000   4301.835320
0.99000  11362.310594
0.99999  22831.372845   <--- pretty darn close to the max of 23077

谁能告诉我为什么这两种不同的方法会产生如此不同的结果,以及为什么我使用groupby 会给我带来如此奇怪、看似武断的结果? groupby 是否以某种方式使用了与我在第二种“显式”方法中所做的不同的完整数据子集?

【问题讨论】:

  • 请检查github.com/pandas-dev/pandas/issues/27526 是否有该版本或问题是否相同。嗯,但它崩溃了......
  • 但是为了更容易调试,请尝试第一篇文章中的代码并应用您的两个不同版本。这应该显示相同的行为,但更容易掌握。
  • 顺便说一下,请使用这样的示例数据重写您上面的问题。我们需要一个最小的工作示例。无需提及数百万行,哪种数据或其他。小而整洁的东西更容易处理,并且通常表现出相同的行为。人们可以复制粘贴代码并尝试它,而无需发布大量数据或人们不得不要求它。 stackoverflow.com/help/minimal-reproducible-example
  • 嗨@Joe - 我试图获取一组较小的相同数据,但没有发现问题。我也尝试生成一个相同大小的虚拟数据集,并没有发现问题。请注意,在这两种情况下,我都使用相同的 Python 代码,但不再看到故障。所以,看起来我要么必须发布原始数据集,要么花费比我目前的时间表允许的更多的时间来调试它,特别是因为我现在有一个解决方法。如果这是例行程序的问题,我想帮助解决这个问题,但这将不得不等待 - 并且可能永远不会发生......

标签: python pandas dataframe pandas-groupby quantile


【解决方案1】:

非常有趣。至少在我的 Pandas (0.25.1) 版本中,df.groupby(...).quantile(&lt;array-like&gt;) 显然存在一个错误。 codepath is different 似乎被打破了,即使是在非常简单的例子上,比如:

df = pd.DataFrame(
    {"A": [0., 0., 0.], "B": ["X", "Y", "Z"]}
)
result = df.groupby("B").quantile([0.5, 0.9])

虽然它适用于 2 元素版本一:

df = pd.DataFrame(
    {"A": [0., 0.], "B": ["X", "Y"]}
)
result = df.groupby("B").quantile([0.5, 0.9])

我会避免在类似数组的对象上使用带有分位数的 groupby,直到代码得到修复,即使它现在可以工作,因为它可能容易出错。

Blame 还显示了很多相当新鲜的更新(10 个月、16 个月),也正是在处理这些代码。

【讨论】:

  • 澄清一下 - 在 pandas 版本 0.25.1 上,第一个示例是在分位数调用时抛出 IndexError: indices are out-of-bounds 异常。
【解决方案2】:

在@alexander-pivovarov 的回答中,您看不到分位数在这两个示例中的作用。每组只有零且只有一个元素,因此结果始终为零。还是我错了?

我有 pandas 0.25.3 并获得有用的结果

import pandas as pd

df = pd.DataFrame(
    {"A": [1., 2., 3., 4., 5., 6.], "B": ["X", "X", "Y", "Y", "Z", "Z"]}
)
result = df.groupby("B").quantile([0.5, 0.9])
print(result)

输出:

        A
B         
X 0.5  1.5
  0.9  1.9
Y 0.5  3.5
  0.9  3.9
Z 0.5  5.5
  0.9  5.9

如果它适用于传递给quantiles() 的单个数字,您可以破解类似的东西

q = [0.2, 0.5, 0.9]
res = [df.groupby("B").quantile(_).loc['X', 'A'] for _ in q]

df_q = pd.DataFrame({'A':res, 'quantiles':q})

print(df_q)

输出:

     A  quantiles
0  1.2        0.2
1  1.5        0.5
2  1.9        0.9

直到它被修复。

【讨论】:

  • 只是为了澄清 - 在 0.25.1 上运行带有零的示例应该会引发异常。然而,0.25.3 版在该示例上运行良好(没有例外)。
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