perl 子程序答案

【问题标题】：perl subroutineperl 子程序
【发布时间】：2011-12-22 18:44:24
【问题描述】：

我在执行我的 perl 子例程时遇到问题。这是定义：

sub primer{
     print STDERR "primer is $_[0]\n";
    $primer=$_[0];
   if ($_[0]=~/ATTACCGC/){
           mkdir ("Primer1") || die "Unable to create directory <$!>\n";
           open OUTFILE1,">","Primer1/lt450";
           open OUTFILE2,">","Primer1/no_primer_lt450";
           open REPORT,">","Primer1/Report";
           &primer_analysis('ATTACCGC');}

           if ($_[0]=~/CCGTCAATTC[AC]/){
           mkdir ("Primer2") || die "Unable to create directory <$!>\n";
           open OUTFILE1,">","Primer2/lt450";
           open OUTFILE2,">","Primer2/no_primer_lt450";
            open REPORT,">","Primer2/Report";
           &primer_analysis('CCGTCAATTC[AC]');}

这是上面应该调用的另一个子例程的一部分：

sub primer_analysis{
     $primer=$_[0];
    while ($line = <INFILE>){
         if ($line =~ /^>/) {
             $header = $line;
            $headcnt++;}
         if ($line !~/^>/){
         $seq = $line;
          chomp($seq);
        if (length($seq)<450 && $seq=~/^$primer/){
            $len_450=length($seq);
            $TB_450=$len_450+$TB_450;
               $cnt450++;
              print OUTFILE1 "$header";
              print OUTFILE1 "$seq\n";}}

以下是调用函数：

&primer('ATTACCGC');
&primer('CCGTCAATTC[AC]');

问题是，当我运行程序时，只有 Primer1 被执行，即正确创建了目录和数据，但是 Primer2 没有任何反应。任何想法为什么只有一部分功能正在执行？谢谢

【问题讨论】：

你没有正确缩进你的代码，使用大量（仅？）全局变量，不必要地重复代码并且没有很好地使用逻辑（例如if (/^>/) .... if (!/^>/)真的是if (...) else .) 如果您没有使用严格和警告，我强烈建议您这样做。
嗨，相反，代码中的缩进是完美的，我在这里发布时无法掌握它。同意冗余，我已经更正了。我不会使用太多的严格，诊断和警告对我来说始终是必须的。
我不确定您所说的“过于严格”是什么意思，但我认为您是在说您不使用它，这是一个很大的错误。使用 strict 实际上可以节省时间和精力。
是的，你是对的。我不使用严格。作为一个好习惯，我应该使用它，但到目前为止，我已经尽力正确使用名称并注意变量的范围。但可能是我应该开始使用严格的时候了，因为代码行不断增加......
不是重复的文字值，而是定义一个常量或变量并使用它；例如$primer_1 = q(Primer1)。养成总是使用严格编译指示的习惯。您将在减少调试时间、修复“愚蠢”错误方面获得丰厚回报。

标签： perl subroutine

【解决方案1】：

字符[] 是正则表达式中的特殊字符。您需要通过编写CCGTCAATTC\[AC\] 在子入门中转义它们，或者简单地使用eq 字符串比较。照原样，您的第二个 if 失败了，因为您的底漆中的文字 [ 与 [AC] 字符类不匹配。

【讨论】：

太棒了……我也想到了这一点……我做到了。但是，文件已创建，但其中没有数据。
您还可以使用\Q .. \E 匹配正则表达式中的文字字符。例如。 /\QCCGTCAATTC[AC]\E/
好的。解决了问题。我没有打开要再次读取的文件。打开文件的调用只进行了一次。感谢您对正则表达式的帮助。必须赞赏。

【解决方案2】：

一般建议：

使用严格；使用警告；
考虑使用 shift 而不是 $_[0]，即
```
$primer = shift;
    if $primer =~ /ATTACCGC/){ ..... etc.
```
而不是
```
$primer=$_[0];
    if ($_[0]=~/ATTACCGC/){
```
...然后在你的函数中使用 $primer 而不是 $_[0]。
推荐Lexical filehandles。
不要使用 & 号来调用您的函数。

【讨论】：