如果字符串匹配（两个文件），则仅打印 '+' 或 '-'

Question

如果找到字符串，我只想打印一个 '+' o '-' 符号。基本上，我有两个文件：

输入文件 1（制表符分隔）：

HPNK_00457
HPNK_00458
HPNK_00459

输入文件 2（制表符分隔）：

HPNK_00457  AAA50325    1e-43   437 28  43  83  ATP-binding protein.
HPNK_00458  P25256  8e-43   429 28  43  82  RecName: Full=Tylosin resistance ATP-binding protein tlrC.
HPNK_00458  CAM96590    1e-42   429 27  42  87  ABC transporter ATP-binding protein [Streptomyces ambofaciens].

所需的输出（制表符分隔，保持文件 1 中字符串的顺序）：

HPNK_00457 +
HPNK_00458 +
HPNK_00459 -

这是我一直在使用的，但需要更新：

while read vl; do grep "^$vl      " file2 || printf -- "- -\n" ; done < file1

谢谢，每天都在这里学习。

Answer 1

这是使用awk的一种方式：

awk 'FNR==NR { a[$1]; next } { print $1, ($1 in a ? "+" : "-" ) }' file2 file1 

结果：

HPNK_00457 +
HPNK_00458 +
HPNK_00459 -

Answer 2

你可以使用：

while read -r line
do
    grep -q "$line" f2 && echo "$line +" || echo "$line -"
done < f1

grep -q 仅在匹配某些内容时返回 true，在这种情况下，我们打印文件名 + + 否则，我们打印文件名 + -。

返回：

$ while read -r line; do grep -q "$line" f2 && echo "$line +" || echo "$line -"; done < f1
HPNK_00457 +
HPNK_00458 +
HPNK_00459 -

Answer 3

perl -lane'
  BEGIN{ $, ="\t"; $x=shift; @h{ map /(\S+)/, <> } =(); @ARGV=$x }
  print @F, exists $h{$F[0]} ? "+" : "-";
' file1 file2

输出

HPNK_00457      +
HPNK_00458      +
HPNK_00459      -

Answer 4

算法如下：

1. 读取文件 2。对于每一行，
2. 得到第一个字
3. 将其存储在哈希中。
4. 读取文件 1。对于每一行，将其切碎，然后
5. 打印$hash{$_}？ '+' : '-'

我可以为您编写代码，但如果您想每天学习，如果您想自己编写代码，这将是一个有用的练习。

Answer 5

这个简单的 Perl 脚本应该可以完成这项工作

#!/usr/local/bin/perl
## f1 and f2 are the 2 files containing your input data
open FILE1, f1;
open FILE2, f2;

@file1data = <FILE1>;
@file2data = <FILE2>;

my $row = 0;
foreach $data (@file1data) {
        chomp($data);
        if (grep (/$data/,$file2data[$row]) ) {
                print $data . " " . "+\n";
        }
        else {
                print $data . " " . "-\n";
        }
        $row++;
}

Answer 6

awk 'FNR==NR
     {a[$1];next}
     {b[$1]}
     END{
     for(i in a)
     if(b[i]){print i,"+"}
     else{print i,"-"}
     }' file1 file2