ggplot2：每列生成一个单独的箱线图

Question

我正在尝试生成许多单独的图，每个图都绘制每个细胞（=行）的单个基因（=列）的水平。在代码中，我还有两个“单元格”子集，这取决于每个单元格的gene1 是否具有> 0 的值（这由dplyr 处理）。

我在下面的尝试将所有基因/列的值绘制在一个 pdf 图中，一次。关于如何更改代码以为每个基因/列生成一个图的任何建议？

数据集：

          gene1      gene2      gene3      gene4      gene5
cell_1   0.0000   0.279204  25.995400  46.171700  94.234100
cell_2   0.0000  23.456000  77.339800 194.241000 301.234000
cell_3   2.0000  13.100000  45.309200   0.776565   0.000000
cell_4   0.0000  10.500000 107.508000   3.032500   0.000000
cell_5   3.0000   0.000000   0.266139   0.762981 123.371000

代码：

library(ggplot2)
library(dplyr)
library(tidyr)

#Loop making many single box plots

  df3 <- df2 %>% as.data.frame %>% mutate(Cell= rownames(.), positive = df2$gene1>0) %>% 
    gather(., key= gene, value="value", -Cell,-positive) %>% 
    mutate( absolute= abs(value), logabs= log(absolute+1))

  for (i in unique(df3$gene)) {
    geneplot <- df3 %>% ggplot(., aes(x=gene, y=logabs, fill=positive)) +
          geom_boxplot() +
          xlab("Gene") + ylab("Expression level (TPM log)") + 
          theme_classic(base_size = 14, base_family = "Helvetica") +
          theme(axis.text.y=element_text(size=14)) + 
          theme(axis.title.y=element_text(size=14, face="bold")) + 
          theme(axis.text.x=element_text(size=14)) +
          theme(axis.title.x=element_text(size=14, face="bold")) + 
          scale_fill_brewer(palette="Pastel1")
   print(geneplot)
   ggsave(sprintf("%s.png", df3$gene))

   dev.off()

  }

Answer 1

gene1<-c(0.0000, 0.0000, 2.0000, 0.0000, 3.0000)
gene2<-c(0.279204, 23.456000, 13.100000 , 10.500000, 3.0000)
gene3<-c(25.995400, 77.339800, 45.309200, 107.508000, 0.266139)
gene4<-c(46.171700, 194.241000, 0.776565, 3.032500, 0.762981)
gene5<-c(94.234100, 301.234000, 0.000000, 0.000000, 3.0000)
df<-data.frame(gene1, gene2, gene3,gene4,gene5)

df <- df %>% 
    as.data.frame %>% 
    mutate(Cell= rownames(.), positive = df$gene1>0) %>% 
    gather(., key= gene, value="value", -Cell,-positive) %>% 
    mutate( absolute= abs(value), logabs= log(absolute+1))

ggplot(data= df , aes(x=gene, y=logabs, fill=positive))+
    geom_boxplot()+facet_wrap(~ gene)

更新

我不确定发帖人在问什么，但这里有几种解释：

实际数据中有额外的基因，其值为 1，因此，使用 facet_wrap(~ gene) 会创建一个额外的不必要的图，如下所示：

gene1<-c(0.0000, 0.0000, 2.0000, 0.0000, 3.0000)
gene2<-c(0.279204, 23.456000, 13.100000 , 10.500000, 3.0000)
gene3<-c(25.995400, 77.339800, 45.309200, 107.508000, 0.266139)
gene4<-c(46.171700, 194.241000, 0.776565, 3.032500, 0.762981)
gene5<-c(94.234100, 301.234000, 0.000000, 0.000000, 3.0000)
gene6<-c(0.0000, 0.0000, 0.0000, 0.0000, 0.0000)
df<-data.frame(gene1, gene2, gene3,gene4,gene5, gene6)

df <- df %>% 
  as.data.frame %>% 
  mutate(Cell= rownames(.), positive = df$gene1>0) %>% 
  gather(., key= gene, value="value", -Cell,-positive) %>% 
  mutate( absolute= abs(value), logabs= log(absolute+1))

ggplot(data= df , aes(x=gene, y=logabs, fill=positive))+
  geom_boxplot()+facet_wrap(~ gene) 

为避免这种情况，只需简单地运行

df<-filter(df, value>0)

ggplot(data= df , aes(x=gene, y=logabs, fill=positive))+
  geom_boxplot()+facet_wrap(~ gene) 

获得：

如果这不是您关心的问题，我深表歉意。也许是您想摆脱没有值的单个基因的中断，就像@Huub Hoofs 指出的那样。为了实现这一点，正如 Huub Hoofs 建议的那样，请尝试以下方法：

ggplot(data= df , aes(x=gene, y=logabs, fill=positive))+
    geom_boxplot()+facet_grid(~ gene, scales = "free")

或

ggplot(data= df , aes(x=gene, y=logabs, fill=positive))+
    geom_boxplot(aes(1))+facet_wrap(~ gene)