R Shiny Server 安装包

Question

可能重叠：
Packages missing in shiny-server
R shiny / shiny-server - issue with finding packages
R - How to set the path of install.packages() for shiny server ? - Ubuntu

我已经尝试并阅读了以上所有内容，但仍然无法让我的 Shiny Server 正常工作。

我按照http://www.rstudio.com/shiny/server/install-opensource 上的安装说明进行操作，包括在系统范围内安装闪亮包：

   $ sudo su - \
        -c "R -e \"install.packages('shiny', repos='http://cran.rstudio.com/')\""

Shiny Server 已正确安装并运行，

~# sudo start shiny-server
start: Job is already running: shiny-server

但是当我浏览到domain:3838 时，我可以看到欢迎来到闪亮页面，但出现错误

Error in eval(expr, envir, enclos) : The Shiny package was not found in the library. Ensure that Shiny is installed and is available in the Library of the user you're running this application as. Calls: local -> eval.parent -> eval -> eval -> eval -> eval Execution halted

打开 R、install.packages('shiny', repos='http://cran.rstudio.com/')，然后打开 library(shiny) 或任何其他包，告诉我找不到它。

我真的很卡，我不仅不能安装/加载任何包，我似乎无法找到它们的去向。

编辑：
install.packages(c("geonames"))
Installing package into ‘/usr/local/lib/R/site-library’ (as ‘lib’ is unspecified)

> library()
Warning message:
In library() :
libraries ‘/usr/local/lib/R/site-library’, ‘/usr/lib/R/site-library’ contain n o packages

与

> installed.packages()[,1:2]
           Package      LibPath
base       "base"       "/usr/lib/R/library"
boot       "boot"       "/usr/lib/R/library"
class      "class"      "/usr/lib/R/library"
cluster    "cluster"    "/usr/lib/R/library"
codetools  "codetools"  "/usr/lib/R/library"
compiler   "compiler"   "/usr/lib/R/library"
datasets   "datasets"   "/usr/lib/R/library"
foreign    "foreign"    "/usr/lib/R/library"
graphics   "graphics"   "/usr/lib/R/library"
grDevices  "grDevices"  "/usr/lib/R/library"
grid       "grid"       "/usr/lib/R/library"
KernSmooth "KernSmooth" "/usr/lib/R/library"
lattice    "lattice"    "/usr/lib/R/library"
MASS       "MASS"       "/usr/lib/R/library"
Matrix     "Matrix"     "/usr/lib/R/library"
methods    "methods"    "/usr/lib/R/library"
mgcv       "mgcv"       "/usr/lib/R/library"
nlme       "nlme"       "/usr/lib/R/library"
nnet       "nnet"       "/usr/lib/R/library"
parallel   "parallel"   "/usr/lib/R/library"
rpart      "rpart"      "/usr/lib/R/library"
spatial    "spatial"    "/usr/lib/R/library"
splines    "splines"    "/usr/lib/R/library"
stats      "stats"      "/usr/lib/R/library"
stats4     "stats4"     "/usr/lib/R/library"
survival   "survival"   "/usr/lib/R/library"
tcltk      "tcltk"      "/usr/lib/R/library"
tools      "tools"      "/usr/lib/R/library"
utils      "utils"      "/usr/lib/R/library"

非常感谢任何帮助

---

会话信息：

> .libPaths() [1] "/usr/local/lib/R/site-library" "/usr/lib/R/site-library" [3] "/usr/lib/R/library"

> sessionInfo()
R version 3.0.2 (2013-09-25)
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)

locale:
 [1] LC_CTYPE=en_US.UTF-8       LC_NUMERIC=C
 [3] LC_TIME=en_US.UTF-8        LC_COLLATE=en_US.UTF-8
 [5] LC_MONETARY=en_US.UTF-8    LC_MESSAGES=en_US.UTF-8
 [7] LC_PAPER=en_US.UTF-8       LC_NAME=C
 [9] LC_ADDRESS=C               LC_TELEPHONE=C
[11] LC_MEASUREMENT=en_US.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base

Answer 1

问题是 shiny-server 找不到您安装的软件包，因为它以另一个名为 shiny 的用户身份运行它们。这是安装shiny-server时创建的用户。

解决此问题的最简单（也是最安全的恕我直言）方法是使用此用户帐户（闪亮）安装所需的软件包。这可以通过以下步骤来完成。

1. 使用sudo passwd shiny 为shiny 用户帐户设置密码，现在输入并确认密码
2. 使用以下命令切换到闪亮帐户：su - shiny
3. 使用R（不带sudo）调用R
4. 安装所需的包，在这种情况下：install.packages("shiny")

请注意，如果您在同一台机器上安装了 rstudio-server，那么您可以使用该界面执行步骤 2-4。只需转到相同的域/IP 并使用 :8787 作为 rstudio-server 接口，而不是使用 :3838 作为闪亮服务器。

改编自我的回答here

Answer 2

我有类似的问题。在阅读the admin guide 之后，这里可能会为您提供解决方案。

您遇到此错误是因为访问该应用程序的人没有安装 shiny 包。如果您执行less /etc/shiny-server/shiny-server.conf 并且您可能会注意到前两行中的以下内容：

# Instruct Shiny Server to run applications as the user "shiny"
run_as shiny;

为了解决此问题，您可以执行以下任一操作：

• 切换到用户shiny 并在那里安装所有软件包。例如，su shiny。但是，这将为所有用户复制您安装的库。
• 一个干净的方法是始终从另一个用户运行shiny，方法是在/etc/shiny-server/shiny-server.conf 中编辑run_as。在这种情况下，您可以将第二行更改为run_as your_username shiny;，以便它查找您的.libPaths()，然后查找闪亮的.libPaths()。您也可以在此处添加多个用户。

Answer 3

我也遇到过类似的问题。在我执行以下操作而不是软件包的单行安装之后工作：

sudo su
R

然后在 R 中做：

install.packages('shiny', repos='http://cran.rstudio.com/')
library(shiny)

Answer 4

我也是 Ubuntu 的新手，遇到过类似的问题。在我的情况下，问题是 R 包安装在属于用户 'ubuntu' 的文件夹中。但是，它们必须对 root 可用。

我使用适当的命令将用户更改为“root”，然后从 R 运行 install.packages 函数

sudo -i
R

希望它对您有所帮助。至少你的问题不是唯一的。通过谷歌搜索，我发现了很多有用的提示。例如：

http://freigeist.devmag.net/r/773-deploying-shiny-server-on-amazon-some-troubleshoots-and-solutions.html