Shiny Server R 会话创建一个它没有访问权限的 tempdir()答案

【问题标题】：Shiny Server R sessions creates a tempdir() it doesn't have permission to accessShiny Server R 会话创建一个它没有访问权限的 tempdir()
【发布时间】：2020-08-11 15:51:32
【问题描述】：

我有一个 Shiny 应用程序，在本地和容器化时都可以按预期工作。该应用程序接收一些用户输入，查询数据库，并返回一个包含.pdf 和.xlsx 文件的.zip。由于某些原因，我将把它部署到运行 Shiny Server 的服务器上。运行应用程序时，我收到一个错误，指出处理 [filename].knit.md 是不可能的，因为“权限被拒绝：”

在深入了解为什么会出现这种情况后，我认为这是用户 shiny（在 shiny-server.conf 中运行应用程序）没有访问目录/文件的权限的功能。我遇到的麻烦是诊断此错误，因为临时目录和文件似乎不存在于本地目录结构中的任何位置。

在server.R 中，我调用tempfile() 并将该临时文件用作output_file 在render() 命令中的输入。我知道tempfile() 是每个会话临时目录的子目录，那么如何确保用户shiny 可以访问在应用运行期间创建的任何tempdir()？

此外，我是否正确假设上图中的临时目录在应用程序出错时会自动删除？我在服务器的 /tmp 树中的任何地方都找不到该目录。

【问题讨论】：

标签： r shiny shiny-server

【解决方案1】：

在tempdir()的文档中

默认情况下，tmpdir 将是 tempdir() 给出的目录。这将是 R 会话启动时通过以下规则找到的每个会话临时目录的子目录。依次检查环境变量 TMPDIR、TMP 和 TEMP，并使用第一个找到的指向可写目录的变量：如果没有成功则使用“/tmp”。路径不应包含空格。请注意，在 R 会话中设置任何这些环境变量对 tempdir() 没有影响：每个会话的临时目录是在解释器启动之前创建的。

所以

mkdir mydir
export TMPDIR=mydir
Rscript -e "tempfile();tempdir();"

给

[1] "mydir/RtmphR2Rkx/file19da392dac5546"
[1] "mydir/RtmphR2Rkx"

否则授予 /tmp 的权限

【讨论】：