在 Shiny 应用程序中加载 RJDBC答案

【问题标题】：Loading RJDBC in Shiny app在 Shiny 应用程序中加载 RJDBC
【发布时间】：2015-06-12 10:22:09
【问题描述】：

我有一个在 Ubuntu 14.10 上运行的闪亮应用程序，我需要连接到 SQL Server 数据库。我正在使用 JDBC 进行连接。

在应用程序之外（在控制台中）我已经能够安装 JDBC 包及其依赖项、加载它、连接和查询数据库，没有任何问题。

但是，当我尝试在闪亮服务器上运行的闪亮应用中执行此操作时，应用无法加载，并且我从浏览器中收到以下错误：

Listening on http://127.0.0.1:51925
Loading required package: DBI
Loading required package: rJava
Error : .onLoad failed in loadNamespace() for 'rJava', details:
  call: dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...)
  error: unable to load shared object '/usr/local/lib/R/site-library/rJava/libs/rJava.so':
  libjvm.so: cannot open shared object file: No such file or directory

发生错误是因为 rJava 未加载。但是，当我以“shiny”用户身份从控制台运行时，rJava 和 RJDBC 都可以正常加载。

有什么建议吗？

【问题讨论】：

您能说明如何在控制台和应用程序中调用它吗？
@martin 在这两种情况下我只是使用library(RJDBC) 来加载，但是它不会成功加载到应用程序中。
它报告的文件夹是您的库的安装位置吗？ .libPaths() 的发布输出
对于闪亮的用户：[1] "/home/shiny/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.1" [2] "/usr/local/lib/R/site-library" [3] "/usr/lib/R/site-library" [4] "/usr/lib/R/library" 另外，确认每个都有 rJava。
对此进行更新：我能够使用 ODBC 让我的应用程序正常工作，这似乎没有任何问题。

标签： r shiny shiny-server rjava rjdbc

【解决方案1】：

我仍然不完全确定 Shiny 和 rJava 之间的问题是什么，但无论如何我都能让我的应用正常运行。

虽然 Microsoft SQL Server ODBC 驱动程序文档没有明确提及对 Ubuntu 的支持，但它可以使用与 Suse 相同的设置来工作。然后，由于 RODBC 包对 rJava 没有任何依赖关系，因此与远程数据库的连接工作正常。

简而言之：如果您计划在 Ubuntu 上部署 Shiny 应用程序并需要建立 SQL Server 连接，请使用 ODBC 而不是 JDBC。它会让你的生活更轻松。

【讨论】：