闪亮的绘图显示在 RStudio 窗口中，而不是在浏览器中答案

【问题标题】：Shiny plot shows up in RStudio window instead of in browser闪亮的绘图显示在 RStudio 窗口中，而不是在浏览器中
【发布时间】：2019-08-20 14:42:56
【问题描述】：

如果您在 RStudio 中运行以下代码，它会正确显示两个绘图，但如果您进行小改动（详情如下），它将不再显示第二个绘图。

（请注意，examplePathways 和 exampleRanks 由 fgsea 包提供，因此以下代码应该可以按原样运行。）

library(fgsea)
library(dplyr)
library(ggplot2)
library(shiny)

ui <- fluidPage(
  plotOutput("gseaPlot"),
  plotOutput("gseaEnrichment")
)

runAnalysis <- function() {
  gseaResult <- fgsea(pathways = examplePathways, stats = exampleRanks, nperm = 10)
  topPathways <- gseaResult[NES > 0][head(order(desc(NES)), n = 10), pathway]
  topPathwayUp <- topPathways[[1]]
  gseaEnrichment <- plotEnrichment(examplePathways[[topPathwayUp]], exampleRanks)
  gseaPlot <- plotGseaTable(examplePathways[topPathways], exampleRanks, gseaResult)
  list(gseaEnrichment = gseaEnrichment, gseaPlot = gseaPlot)
}

server <- function(input, output, session) {
  theAnalysis <- runAnalysis()
  output$gseaEnrichment <- renderPlot({
    theAnalysis$gseaEnrichment
  })
  output$gseaPlot <- renderPlot({
    runAnalysis()$gseaPlot
  })
}

shinyApp(ui = ui, server = server)

小变化是，如果我将第二个渲染图更改为使用theAnalysis 而不是runAnalysis()，如下所示：

server <- function(input, output, session) {
  theAnalysis <- runAnalysis()
  output$gseaEnrichment <- renderPlot({
    theAnalysis$gseaEnrichment
  })
  output$gseaPlot <- renderPlot({
    theAnalysis$gseaPlot
  })
}

然后第二个图突然出现在 RStudio 查看器窗口中，而不是在浏览器中。

这里发生了什么导致这种行为，我如何在不诉诸运行 runAnalysis() 两次的情况下解决它？

更新：实际上，以下显示的问题更简单，不涉及 Shiny。如果我运行以下代码，该图会显示在 RStudio 绘图查看器中，即使它已存储到变量中（但 plotEnrichment 并非如此）：

library(dplyr)
library(fgsea)
library(ggplot2)
gseaResult <- fgsea(pathways = examplePathways, stats = exampleRanks, nperm = 10)
topPathways <- gseaResult[NES > 0][head(order(desc(NES)), n = 10), pathway]
gseaPlot <- plotGseaTable(examplePathways[topPathways], exampleRanks, gseaResult)

更新：显然 fgsea 1.6 版不会发生这种情况（我使用的是 1.8 版），所以它可能是 fgsea 中的一个错误，所以我提交了一个 fgsea 问题。但如果有人能看到问题或有解决方法，我欢迎回答。

【问题讨论】：

标签： r ggplot2 shiny

【解决方案1】：

这是因为plotGseaTable 正在调用grid.arrange，它会渲染到当前设备。这就是为什么直接从响应式上下文运行它有效，而在响应式上下文之外运行它却不行。

解决方案是让plotGseaTable 返回 grob，然后在响应式上下文中渲染它，如下所示：

library(grid)

...

runAnalysis <- function() {
  ...
  # The render = FALSE here (not yet available in fgsea)
  # which allows the plot to be rendered later
  gseaPlot <- plotGseaTable(examplePathways[topPathways], exampleRanks, gseaResult, render = FALSE)
  ...
}

server <- function(input, output, session) {
  theAnalysis <- runAnalysis()
  output$gseaEnrichment <- renderPlot({
    theAnalysis$gseaEnrichment
  })
  output$gseaPlot <- renderPlot({
    grid.draw(theAnalysis$gseaPlot)
  })
}

向 fgsea 提出了一个拉取请求，以允许 plotGseaTable：https://github.com/ctlab/fgsea/pull/43。

【讨论】：