使用 MyRobustCrust 使用 Matlab 从 MNI 大脑模板创建 3D 线框皮质模型答案

【问题标题】：Creating a 3D wireframe cortical model from MNI brain template with Matlab using MyRobustCrust使用 MyRobustCrust 使用 Matlab 从 MNI 大脑模板创建 3D 线框皮质模型
【发布时间】：2015-05-28 08:39:06
【问题描述】：

我正在尝试在 matlab 上使用 MyRobustCrust 从 MNI 大脑模板创建线框 3d 模型。我的目标是能够确定皮质表面的 MNI 坐标。

为此，我按照此站点上列出的说明进行操作：http://soundsfromthenorth.com/?p=3

不幸的是，管理员似乎不再活跃。

按照网站的说明，我已成功从 FSL 中提取数据集（“MNI152_T1_2mm_brain_mask.nii”）。但是，当我去运行 MyRobustCrust 时，使用以下输入（按照站点的指示），我得到一个空白图表。

代码输入

>> [t,tnorm]=MyRobustCrust(p);
figure(1)
hold on
axis equal
h=trisurf(t,p(:,1),p(:,2),p(:,3),'facealpha',0.4,...
...'facecolor',[1 1 1],'edgecolor',[0.8 0.8 0.8]);
view(3);
axis vis3d

代码输出：

Added Shield: 0.0559 s
Delaunay Triangulation Time: 0.6515 s
Connectivity Time: 0.0796 s
Circumcenters Time: 0.0168 s
Warning: Brute continuation necessary 
> In MyRobustCrust>Marking (line 380)
  In MyRobustCrust (line 106) 
Warning: 1000 th level was reached\n 
> In MyRobustCrust>Marking (line 412)
  In MyRobustCrust (line 106) 
99.9941 % of Tetraedroms were checked
Walking Time: 0.2084 s
Manifold extraction Time: 0.3782 s
Total Time: 1.4809 s
 view(3);
        |
Error: Unbalanced or unexpected parenthesis or bracket.

不幸的是，我对神经影像学和 Matlab 非常陌生。有人对我在这里可能做错了什么有任何建议吗？错误信号是否表示 MyRobustCrust 的代码或数据中存在不平衡或意外的括号？

【问题讨论】：

网站和工具箱都已经过时了；哎呀，该文件甚至无法在 File Exchange 上下载。我会调查this 看看它是否可以做你想做的事。但是，如果您描述了更多您真正想用它做的事情，那么也许我们可以建议其他方法。
我正在尝试创建大脑表面的 3D 模型，当我将光标放在上面时，我可以确定该位置的 MNI 坐标。我的目标是能够将在皮层的时间视图图片上制作的标记转换为 MNI 坐标。

标签： matlab wireframe neuroscience nifti

【解决方案1】：

我希望我理解正确，但在我看来，您正在尝试将横向平面（轴向平面）标记转换为 MNI 坐标。

如果是这样，那么也许您应该尝试xjView（注意：需要SPM）。这是一个图形界面，主要用于在模板上叠加对比，以及其他功能（创建蒙版、生成统计表等）。在您的情况下，您可以简单地加载默认的 MNI 图像（来自 SPM 的 avg152T1 或 T2）并单击右上角的 3 轴视图； MNI 坐标将位于左下角。

【讨论】：