open babel：如何创建多个输出文件（拆分输入）？答案

【问题标题】：open babel: how to create multiple output files (split the input)?open babel：如何创建多个输出文件（拆分输入）？
【发布时间】：2015-06-22 22:31:39
【问题描述】：

我有一个 .pdb 文件，其中包含同一分子的多个构象异构体。现在我想将这些conformers 中的每一个转换为一个单独的.xyz 文件。根据 open babel 的帮助，这可以通过 -m 选项来完成。

-m Produces multiple output files, to allow:
   Splitting: e.g.        babel infile.mol new.smi -m
    puts each molecule into new1.smi new2.smi etc
   Batch conversion: e.g. babel *.mol -osmi -m
    converts each input file to a .smi file

但这只会转换第一个几何图形然后停止：

babel -ipdb confs.pdb -oxyz test.xyz -m
  1 molecule converted
  14 audit log messages

（在 Ubuntu 和 OSX 上测试了 open babel 2.3.2）

有什么建议可以解决这个问题或改用哪个程序？

【问题讨论】：

好的，它似乎适用于 .sdf，但目前不适用于 .pdb。

标签： openbabel

【解决方案1】：

使用这个 linux 命令分割你的 pdb 文件：

grep -n 'MODEL\|ENDMDL' models.pdb | cut -d: -f 1 | \
 awk '{if(NR%2) printf "sed -n %d,",$1+1; else printf "%dp models.pdb > model_%03d.pdb\n", $1-1,NR/2;}' |  bash -sf

输入文件为models.pdb，分割文件命名为model_0001.pdb、model_0002.pdb...等

【讨论】：