在python中创建netCDF文件时如何在循环中写入变量

Question

我在 .csv 文件中有 200 多个时间序列变量，并且想将所有变量写入 netCDF 文件。但我不知道为什么我不能在一个循环中做到这一点。伪数据代码如下：

数据生成

vars = ['one', 'two', 'three', 'four']
date = pd.date_range(start='2021-01-01', end='2021-01-12')
data_dict = {k: np.random.rand(12) for k in vars}
data = pd.DataFrame(data_dict, index=date)

创建具有维度的 netcdf 文件

try:
    # just to be safe, make sure dataset is not already open.
    ncfile.close()
except:
    pass

ncfile = Dataset('test.nc', mode='w', format='NETCDF4_CLASSIC')

lat_dim = ncfile.createDimension('lat', 1)    
lon_dim = ncfile.createDimension('lon', 1)    

time_dim = ncfile.createDimension('time', None) 
time = ncfile.createVariable('time', np.float64, ('time',))
time.units = 'Minutes since 2021-01-01 0'
time.long_name = 'time'
    
calendar = 'standard'
time[:] = date2num(
    (pd.to_datetime(data.index)).to_pydatetime(),
    units=time.units,
    calendar=calendar
)

循环写入netcdf文件

for i, vname in enumerate(var):
    vname = ncfile.createVariable(vname,np.float64,'time')
    vname[:] = data[vname].values

我认为这里的问题是'vname'，它是一个字符串。我试图将它转换为一个对象，但无法做到这一点。我不确定我是否错了。 任何帮助或建议将不胜感激

Answer 1

使用xarray，您可以编写如下内容：

import numpy as np
import pandas as pd

variables = ['one', 'two', 'three', 'four']
date = pd.date_range(start='2021-01-01', end='2021-01-12')
data_dict = {k: np.random.rand(12) for k in variables}
data = pd.DataFrame(data_dict, index=date)
data.index.name = 'time'

ds = data.to_xarray().expand_dims(dim=['lat', 'lon'])
ds.to_netcdf('test.nc', format='NETCDF4')

to_xarray 方法会给你一个xarray.Dataset，time 作为坐标和你的四个变量。而expand_dims 增加了两个空间维度。

如果生成的数据集/netcdf 不是您想要的，请告诉我。