教程：Blast+ 结果文件解析为 fasta 文件

Question

我是这个论坛的新手，也是计算分析的新手，我是第一次使用独立的 NCBI Blast+ (blastp)，我的结果文件格式如下：

查询=是

长度=6

主题= X

长度=739

分数 = 15.4 位 (28)，期望 = 0.044，方法：基于组合的统计数据。 同一性 = 5/6 (83%)，正数 = 6/6 (100%)，差距 = 0/6 (0%)

查询 1 DDDIPF 6 D+DIPF Sbjct 244 DNDIPF 250

但我想对所有匹配项进行多重比对，为此，我需要以以下 fasts 格式提取序列：

主题= X

Sbjct 244 DNDIPF

是否有任何工具有助于从爆炸结果文件中直接进行多重比对，或者有工具/教程来提取 fasta 格式的序列以进行进一步处理。谢谢。

Answer 1

如果您想使用 blast 的直接输出，您可以使用 MView，它会重新格式化序列数据库搜索的结果。 否则，另一种选择是提取您感兴趣的序列的 ID，并使用其他工具（例如肌肉）执行 alignmetn