【发布时间】：2015-07-22 18:38:07
【问题描述】：
有没有办法使用 BioPython 将 FASTA 文件转换为 Genbank 格式？关于如何从 Genbank 转换为 FASTA 有很多答案，但反之则不然。
【问题讨论】：
【发布时间】：2015-07-22 18:38:07
【问题描述】：
在转换之前，您必须将字母分配给序列（DNA 或蛋白质）
from Bio import SeqIO
from Bio.Alphabet import generic_dna, generic_protein
input_handle = open("test.fasta", "rU")
output_handle = open("test.gb", "w")
sequences = list(SeqIO.parse(input_handle, "fasta"))
#asign generic_dna or generic_protein
for seq in sequences:
seq.seq.alphabet = generic_dna
count = SeqIO.write(sequences, output_handle, "genbank")
output_handle.close()
input_handle.close()
print "Coverted %i records" % count
输入：
>I28Q9A102FII8J 等级=0668881 x=2144.0 y=1105.0 长度=418 ACGTCATGAGAGTTTGATCATGGCTCAGGACGAACGCTGGCGGCGTGCTTAACACATGCAAGTCGAACGATGAA GCTCCAGCTTGCTGGGGTGGATTAGTGGCGAACGGGTGAGTAACACGTGAGTAACCTGCCCTTGACTCTGGGAT AAGCGTTGGAAACGACGTCTAATACCGGATATGACGACCGATGGCATCATCTGGTTGTGGAAAGAATTTTGGTC AAGGATGGACTCGCGGCCTATCAGGTAGTTGGTGAGGTAATGGCTCACCAAGCCTACGACGGGTAGCCGGCCTG AGAGGGTGACCGGCCACACTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGGAAATTGCA CAATGGGCGAAAGCCTGATGCAGCAACGCCGCGTGAGGGATGACGGCC >I28Q9A102JMH72 秩=0320459 x=3829.0 y=3120.0 长度=512 ACGTCATGAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGATGAACGCTAGCGGCAGGCTTAACACATGCAAGTCGAGGGTAGAA ATAGCTTGCTATTTTGAGACCGGCGCACGGGTGCGTAACGCGTATGCAATCTGCCTTTTACAGGGGAATAGCCC AGAGAAATTTGGATTAATGCCCCATAGCGCTGCAGGGCGGCATCGCCGAGCAGCTAAAGTCACAACGGTAAAGA TGAGCATGCGTCCCATTAGCTAGTTGGTAAGGTAACGGCTTACCAAGGCGATGATGGGTAGGGTCCTGAGAGGG AGATCCCCCACACTGGTACTGAGACACGGACCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGAGGAATATTGGTCAATGG GCGCAAGCCTGAACCAGCCATGCCGCGTGCAGGATGAAGGCCTTCGGGTTGTAAACTGCTTTTGACGGAACGAA AAAGCT你得到：
基因座 I28Q9A102FII8J 418 bp DNA UNK 01-JAN-1980 定义 I28Q9A102FII8J 等级=0668881 x=2144.0 y=1105.0 长度=418 访问 I28Q9A102FII8J 版本 I28Q9A102FII8J 关键词。 资源 。 有机体。 . 特点 地点/资格赛 起源 1 acgtcatgag agtttgatca tggctcagga cgaacgctgg cggcgtgctt aacacatgca 61 agtcgaacga tgaagctcca gcttgctggg gtggattagt ggcgaacggg tgagtaacac 121 gtgagtaacc tgcccttgac tctgggataa gcgttggaaa 第181章 第241章 第301章 第361章 // 基因座 I28Q9A102JMH72 450 bp DNA UNK 01-JAN-1980 定义 I28Q9A102JMH72 秩=0320459 x=3829.0 y=3120.0 长度=512 访问 I28Q9A102JMH72 版本 I28Q9A102JMH72 关键词。 资源 。 有机体。 . 特点 地点/资格赛 起源 1 acgtcatgag agtttgatcc tggctcagga tgaacgctag cggcaggctt aacacatgca 61 agtcgagggt agaaatagct tgctattttg agaccggcgc acgggtgcgt aacgcgtatg 第121章 第181章 第241章 第301章 第361章 第421章 //【讨论】：