请问有 R 代码集使用 PubMed ID 或 DOI 来获取该文章的数据文件吗？答案

【问题标题】：Is there a R code set to use PubMed ID or DOI to get data files for that article, please?请问有 R 代码集使用 PubMed ID 或 DOI 来获取该文章的数据文件吗？
【发布时间】：2019-08-18 15:55:38
【问题描述】：

我正在尝试从 NCBI 或 PubMed 获取与数百个独特的 DOI 或 PMID 相关或附加到 R 语言的数据文件名。例如。我有 PMID：19122651，并且我想获取连接到它的三个 GSE 的名称，它们是：GSE12781、GSE12782 和 GSE12783。我已经搜索了各种来源和软件包，但无济于事。
感谢您的帮助。

【问题讨论】：

标签： r data-files ncbi pubmed doi

【解决方案1】：

您可以使用rentrez 包来做到这一点。

需要的函数是entrez_link。

例子：

library(rentrez)

results <- entrez_link(dbfrom = 'pubmed', id = 19122651, db = 'gds')

results$links$pubmed_gds
[1] "200012783" "200012782" "200012781"

这 3 个结果是相关 GEO 数据集记录的 ID。您可以使用entrez_summary 将它们转换为 GSE 加入。

这是一个有点丑陋的sapply，它可以作为函数的基础：

sapply(results$links$pubmed_gds, function (id) entrez_summary("gds", id)$accession, 
       USE.NAMES = FALSE)

[1] "GSE12783" "GSE12782" "GSE12781"

【讨论】：

这太棒了！非常感谢。我一直在绞尽脑汁并在互联网上搜索，但没有一个是这么简单或直接的！非常感谢您的时间和帮助。
没问题。 rentrez 是一个很棒的软件包，值得了解。如果它解决了问题，请接受答案。
@neilfws：你在代码的最后一行sapply 有错字？它给出了result$links$pubmed_gds 的错误，可能是results$links$pubmed_gds？

【解决方案2】：

您可以通过rentrez 包查询NCBI，如here 所述。函数entrez_link()应该可以找到交叉引用

【讨论】：