带有 mutate 的 for 循环仅输出最后一个结果答案

【问题标题】：for loop with mutate only outputs last result带有 mutate 的 for 循环仅输出最后一个结果
【发布时间】：2020-11-22 20:50:02
【问题描述】：

很抱歉，如果它是重复的，并且由于缺乏可重复性，我不得不将文件链接给你。

我想要做的是：

假设我有一个带有坐标和名称的数据框

df <- tribble(
  ~Species, ~lat, ~lon,
  "a",42.92991, 11.875801,
  "b",42.92991, 11.875801,
  "c",43.91278, 3.513611,   
  "d",43.60851, 3.871755,   
  "e",39.24373, 9.120478
)

我还有一个文件夹有tifrasters，比如

files <- list.files(path="~/world/", pattern="*.tif$", full.name=TRUE, all.files=TRUE)

现在对于每次迭代，我想：

使用文件名在数据框中创建一个新列
在该列中插入对应lat 和lon 的提取值

我试过使用这个for 循环，虽然在纸上看起来还不错，但我不明白为什么它只输出到funvar 最后一个结果。我不喜欢它覆盖结果而不是附加它。

如果我对 mutate 和更简单的对象使用类似的循环，它会附加它们，所以我不确定问题可能是什么

for(i in files){  
fraster<- raster(i)

fname<-gsub(".*//|[.].*", "", i)

funvar<-dplyr::mutate(fundata, !!fname:= raster::extract(fraster, coordinates(data.frame(lat,lon))))
}

谢谢！

【问题讨论】：

把funvar <- vector()放在for循环之前。然后使用funvar <- c(funvar, dplyr::mutate(fundata, .... coordinates(data.frame(lat,lon)))) )
嗨@maydin，通过这样做，我最终会得到一个包含每次运行的所有变量的向量（也就是说，不仅仅是我想添加的列）。我可以将其转换为数据框，但我会有Orc_species、Orc_species.1、Orc_species.2 等。

标签： r tidyverse geo

【解决方案1】：

我解决它的方法有点像 hack，但可以。我明确地将新列分配给数据框，如下所示。我仍然不确定为什么 mutate 自己不这样做

for(i in files){  
fraster<- raster(i)

fname<-gsub(".*//|[.].*", "", i)

funvar<-dplyr::mutate(fundata, !!fname:= raster::extract(fraster, coordinates(data.frame(lat,lon))))

fundata[fname] <- funvar[[fname]]
}

【讨论】：

【解决方案2】：

根据您提供的信息，我无法判断这是否可行，但通常您会制作一个 RasterStack 并避免循环。

library(raster)
# NOTE the order of lon, lat`
xy <- cbind(lon, lat)
s <- stack(files)
e <- raster::extract(s, xy)

如果这不可能，你可以这样做

fundata <- data.frame(xy)
for (f in files){  
    fraster<- raster(f)
    fname <- gsub(".tif$", "", basename(f))
    fundata[[fname]] <- raster::extract(fraster, xy)
}

【讨论】：