【问题标题】:Bioconductor vs CRAN [closed]Bioconductor vs CRAN [关闭]
【发布时间】:2016-08-18 04:07:47
【问题描述】:

今天我发现除了 CPAN 之外还有另一个存储库。这个存储库是Bioconductor。到目前为止,我注意到 Bioconductor 的 installation 过程与经典 CRAN 的 install.packages() 相比略有不同。当我想使用 Bioconductor 的一些软件包时,我应该担心吗?是否有可能遇到一些依赖问题(例如,当您混合使用 ubuntu/debian 存储库等时)等等?我问是因为例如this 说:

如果您不介意使用生物导体封装,那么,您可以使用...

Bioconductor 或潜在的其他存储库有什么问题?

【问题讨论】:

  • 请说明我为什么会被拒绝,谢谢
  • 好问题,但题外话 IMO。 bioc 或任何公共回购将具有与 cran 相同的优点和缺点。我会自己判断包/作者,因为 cran 和 bioc 上有很多垃圾。我认为您将 arun 的评论误解为“生物导体是一个有风险的回购,使用风险自负”,我认为他并不是在暗示
  • 在链接的问题中,我专门询问了解决方案的基本、推荐或 CRAN 可用模块。这就是 Arun 包含该评论的原因。为什么我需要限制任何代码的来源在这里并不重要。如果你可以使用 Bioconductor 包,那就去吧。
  • @MatthewLundberg 现在我做到了,我最终得到了错误Failed with error: ‘package ‘Rlibstree’ was built before R 3.0.0: please re-install it’ 任何想法?

标签: r repository bioconductor cran


【解决方案1】:

BioConductor 的结构、测试和操作都非常完善。没有什么问题。请自己阅读。

请理解您可以使用的不同存储库的数量几乎没有限制。 “Base R”已经知道 CRAN、BioConductor 和 OmegaHat(虽然我不确定它目前的活跃程度,但它也有 15 年的自豪历史)。

最后,你easily build / host / use your own repositories using drat

【讨论】:

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