如何指示 R 安装所有尚未安装的 Bioconductor 软件包？答案

【问题标题】：How do I instruct R to install all Bioconductor packages that are not already installed?如何指示 R 安装所有尚未安装的 Bioconductor 软件包？
【发布时间】：2017-03-20 01:01:08
【问题描述】：

显然安装所有的 Bioconductor 包并没有那么麻烦

安装所有 Bioconductor 软件包

biocLite(all_group())

但是，如果您只想安装那些不可用且安装在您的计算机上的软件包，那么正确的做法是什么？

【问题讨论】：

标签： r installation bioconductor

【解决方案1】：

您可以相当轻松地使用

IP <- installed.packages()

和

AP <- available.packages()

然后将这些输入到setdiff() 以计算差异。

【讨论】：

谢谢@Dirk。您的解决方案效果很好！ IP <- as.data.frame(installed.packages())AP <- as.data.frame(available.packages())install.packages(setdiff(AP[,1],IP[,1]))

【解决方案2】：

我会小心在 BioConductor 中安装差异。我遇到过最初安装依赖于B.1 的包A.1 的情况。几周或几个月后，我安装了依赖于B.2 的包C.2。

请记住，BioConductor仅保留最新版本的可用软件包。这意味着 B.1 不再可通过 BioConductor 获得。所以R 以其无限的智慧，很乐意用B.2 破坏您之前安装的B.1，破坏A.1 的功能，并将您的整个安装变成一团糟。

为缓解此问题，我建议您一次安装要使用的所有软件包。使用最新版本的 R（现在是 3.6.0）例如

# Install into directory of your choosing.
# Be sure to appropriately set .libPaths in your .Rprofile
.libPaths = .libPaths("/some/local/path/3.6.0-lib_all_bioc") 

install.packages("BiocManager")
library(BiocManager)
repos = BiocManager::available()
BiocManager::install(repos)

请记住，用于安装 BioConductor 的 instructions 最近发生了变化（过去一两年）。

【讨论】：