无法在 BiocManager 中安装 GO.db答案

【问题标题】：Cannot Install GO.db in BiocManager无法在 BiocManager 中安装 GO.db
【发布时间】：2019-08-13 08:47:54
【问题描述】：

我快速浏览了其他帖子，但找不到具有相同错误的帖子，即使有些似乎是一些常见的错误消息，所以如果我确实错过了之前的帖子，我们深表歉意。

我正在尝试安装 BioConductor 包“GO.db”，但不断收到错误消息：

> BiocManager::install("GO.db") Bioconductor version 3.8 (BiocManager
> 1.30.4), R 3.5.2 (2018-12-20) Installing package(s) 'GO.db' installing the source package ‘GO.db’
> 
> trying URL
> 'https://bioconductor.org/packages/3.8/data/annotation/src/contrib/GO.db_3.7.0.tar.gz'
> Content type 'application/x-gzip' length 31820876 bytes (30.3 MB)
> downloaded 30.3 MB
> 
> * installing *source* package 'GO.db' ... Warning in file.copy(f, instdir, TRUE) :   problem copying .\NAMESPACE to
> C:\Users\Name\Documents\R\win-library\3.5\GO.db\NAMESPACE: Permission
> denied Warning in file(file, if (append) "a" else "w") :   cannot open
> file 'C:/Users/Name/Documents/R/win-library/3.5/GO.db/DESCRIPTION':
> Permission denied Error in file(file, if (append) "a" else "w") :   
> cannot open the connection ERROR: installing package DESCRIPTION
> failed for package 'GO.db'
> * removing 'C:/Users/Name/Documents/R/win-library/3.5/GO.db' In R CMD INSTALL
> 
> The downloaded source packages are in
>         ‘C:\Users\Name\AppData\Local\Temp\RtmpeYicUm\downloaded_packages’
> installation path not writeable, unable to update packages: class,
> codetools,   Matrix Update old packages: 'assertthat', 'mgcv'

我已经尝试重新安装 BiocManager，但我一直在删除我被告知的目录。我什至尝试过以管理员身份运行 R。但是所有这些尝试都会获得相同的错误消息。我看到有人建议使用 R CMD INSTALL 和一些关于锁定的命令，但由于这是一个 BioConductor 包，因此这里似乎不提供此解决方案。

【问题讨论】：

标签： r installation bioconductor

【解决方案1】：

尝试通过多种方式下载软件包，并尝试从本地文件安装后，我仍然没有运气。

由于我不知道的原因，我仍然不得不使用我的防病毒软件减少文件保护。 R 已经在允许修改我的文件的程序列表中，但无论出于何种原因，它仍然被阻止，并且仅用于安装包GO.db - 尽管我想我会找到更多这样的案例未来。

【讨论】：

【解决方案2】：

这项技术对我有用。

1) BiocManager::install("Biobase")

2) BiocManager::install("GO.db")

在询问您是否要更新所有软件包时回答“y”。

3) BiocManager::valid("GO.db")

[真]

如果更新成功，将显示[TRUE]。

4) 库（WGCNA）

很可能，您必须更新多个软件包。运行第 4 步，然后查看警告文本。它告诉我我还必须更新“impute”和“preprocessCore”。我通过对两个包重复步骤 1-3 解决了这两个问题。

如果你正确更新了所有的包，当你到达第4步时，你会看到以下文本。此时，WGCNA安装成功。

图书馆（WGCNA）；

附加包：‘WGCNA’

以下对象被“package:IRanges”屏蔽：

cor

以下对象被“package:S4Vectors”屏蔽：

cor

以下对象被“package:stats”屏蔽：

cor

警告信息：包‘WGCNA’是在 R 版本 3.6.3 下构建的

【讨论】：