使用 getGEO 下载 GPL 文件时出错

【问题标题】：Error downloading GPL file with getGEO使用 getGEO 下载 GPL 文件时出错
【发布时间】：2017-05-17 21:57:45
【问题描述】：

使用 OSX 10.11 和 R 3.3.0 我使用 GEOQuery 包收到此错误：

library(GEOquery)
GSE56045 <- getGEO("GSE56045")

它下载 GSE 文件但不下载 GPL：

Error in download.file(myurl, destfile, mode = mode, quiet = TRUE, method = getOption("download.file.method.GEOquery")) : 
  cannot open URL 'http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?targ=self&acc=GPL10558&form=text&view=full'

【问题讨论】：

标签： r macos bioinformatics bioconductor

【解决方案1】：

GPL 文件似乎被重定向，在 GEOquery 中自动设置的下载方法未能遵循重定向：setting options('download.file.method.GEOquery'='auto')

我能够通过在 R 中运行它来使其工作：options('download.file.method.GEOquery' = 'libcurl') 另外，我必须删除旧下载的 GPL 文件——这只是重定向消息。使用destdir = getGEO 命令设置下载目录而不是查找临时文件更容易。

【讨论】：