未找到数据集“ebicat37”答案

【问题标题】：data set ‘ebicat37’ not found未找到数据集“ebicat37”
【发布时间】：2021-09-20 14:19:46
【问题描述】：

Snapshot of the Warning message upon reinstalling the package

Snapshot of my error in loading ebicat37 data from "gwascat" package

我是 R 和 Bioconductor 的新手。目前，正在参加有关 Bioconductor 的在线 edX 课程。按照指示，在加载“gwascat”包后，尝试加载数据（ebicat37）时，我收到以下消息：

library(gwascat)

gwascat 已加载。使用 makeCurrentGwascat() 提取当前图像。来自 EBI。这个包的数据文件夹有一些遗留的提取物。

data(ebicat37)

警告信息：

在数据（ebicat37）中：未找到数据集“ebicat37”。

问题是什么以及如何纠正错误，因为我需要加载数据（ebicat37）以使用存储在 GRCh37 中的 GWAS 目录。

我已附上我的会话信息和这个问题：

sessionInfo()
R version 4.1.0 (2021-05-18)
Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit)
Running under: Windows 7 x64 (build 7601) Service Pack 1

在新会话中重新安装包后加载数据（ebicat37）时出错。以下是我的错误详情：

> remove.packages("gwascat")

Removing package from ‘C:/Users/USER/Documents/R/win-library/4.1’
(as ‘lib’ is unspecified)
Warning message:
R graphics engine version 14 is not supported by this version of RStudio. 
The Plots tab will be disabled until a newer version of RStudio is installed.
> if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
+   install.packages("BiocManager") 
> BiocManager::install("gwascat")
getOption("repos")' replaces Bioconductor standard repositories,
see '?repositories' for details
replacement repositories:
    CRAN: https://cran.rstudio.com/
Bioconductor version 3.13 (BiocManager 1.30.16), R 4.1.0
 (2021-05-18)
Installing package(s) 'gwascat'
trying URL https://bioconductor.org/packages/3.13/bioc/bin/windows/contrib/4.1/gwasca>t_2.24.0.zip'
Content type 'application/zip' length 35563316 bytes (33.9 MB)
downloaded 33.9 MB
package ‘gwascat’ successfully unpacked and MD5 sums checked
The downloaded binary packages are in
C:\Users\USER\AppData\Local\Temp\RtmpcFJOTu\downloaded_packages
Installation paths not writeable, unable to update packages
 path: C:/Program Files/R/R-4.1.0/library
 packages:
 Matrix, mgcv
> library(gwascat)
gwascat loaded.  Use makeCurrentGwascat() to extract current image.
from EBI.  The data folder of this package has some legacy extracts.
> data(ebicat37)
Warning message:
In data(ebicat37) : data set ‘ebicat37’ not found

【问题讨论】：

你是如何下载包gwascat的？ data(ebicat37) 对我来说很好。
我按照课程指南下载了软件包。课程中提供了以下安装代码，用于运行和下载必要的软件包。 BiocManager::install(c("genefu", "COPDSexualDimorphism", "gwascat", "hgu133a.db", "genomicsclass/tissuesGeneExpression"))
您可以使用if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("gwascat") 下载它并检查您是否仍然收到错误消息。在此处查看更多详细信息bioconductor.org/packages/release/bioc/html/gwascat.html
@D_Stack_overflow 感谢您的回复。我尝试下载您发布的 Bioconductor 网站链接中提到的软件包。然而，当我尝试加载 data(ebicat37) 时，我得到了同样的错误
我可以从你的截图中看到，使用 bioconductor 的安装不起作用

标签： r bioconductor gwas

【解决方案1】：

我让它工作了：

使用旧版本的R，特别是3.6.3；和
删除 BiocManager 并重新安装旧版本 (1.30.16)。

注意：系统会提示您更新BiocManager，但不要这样做。使用这个旧版本的BiocManager，您可以安装和使用ebicat37。

【讨论】：