R，biocLite，安装 DESeq2 时出错答案

【问题标题】：R, biocLite, error installing DESeq2R，biocLite，安装 DESeq2 时出错
【发布时间】：2015-04-27 21:31:58
【问题描述】：

几天来，我一直在尝试安装 DESeq2 来进行一些分析。 R 和 biocLite 是最新的，当我尝试运行时遇到权限错误

biocLite("DESeq2")

我收到的信息大多是好消息，但最后我得到了：

1: In install.packages(pkgs = pkgs, lib = lib, repos = repos, ...) :
  installation of package ‘XML’ had non-zero exit status
2: In install.packages(pkgs = pkgs, lib = lib, repos = repos, ...) :
  installation of package ‘annotate’ had non-zero exit status
3: In install.packages(pkgs = pkgs, lib = lib, repos = repos, ...) :
  installation of package ‘genefilter’ had non-zero exit status
4: In install.packages(pkgs = pkgs, lib = lib, repos = repos, ...) :
  installation of package ‘geneplotter’ had non-zero exit status
5: In install.packages(pkgs = pkgs, lib = lib, repos = repos, ...) :
  installation of package ‘DESeq2’ had non-zero exit status
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我尝试过编辑权限，通过 sudo 运行 R，并将我的用户添加到人员组。

我很茫然，我还能做些什么来安装它？

谢谢

【问题讨论】：

标签： r bioinformatics bioconductor

【解决方案1】：

从日志看来问题出在XML包。如果libxml2 库不可用，XML 包将无法编译。在 Linux 上安装它：

sudo apt-get install libxml2 
sudo apt-get install libxml2-dev

然后重新运行安装。

【讨论】：

这是正确的库名称吗？ $ sudo apt-get install libxm12 Reading package lists... Done Building dependency tree Reading state information... Done E: Unable to locate package libxm12
libxml2，它是L，不是1。你可以从答案中复制粘贴
安装“XML”很有意义。感谢您的帮助@ahmohamed，我已经开始运行了。