使用 R 中列表中的值运行循环答案

【问题标题】：Run a loop using values from a list in R使用 R 中列表中的值运行循环
【发布时间】：2018-07-07 13:37:04
【问题描述】：

我是 R 编程新手，我正在使用 BioMart 包来提取基因旁系同源物以获得基因列表。

使用下面的“基因”向量是否可以将每个值单独循环到“getBM”函数的值部分，然后将其输出添加到数据框中？

genes <- C("FGF1", "BRCA1", "FOXP2")

getBM(attributes = c("external_gene_name", "hsapiens_paralog_associated_gene_name"), 
                                  filters = "external_gene_name", 
                                  values =  , mart = ensembl_hsapiens)

以下是我的做法，使用基因向量作为值，但它给了我错误的数字，我知道原因。当我单独尝试基因时，值是正确的，这就是为什么我想循环这些值。

 genes <- C("FGF1", "BRCA1", "FOXP2")

getBM(attributes = c("external_gene_name", "hsapiens_paralog_associated_gene_name"), 
                                  filters = "external_gene_name", 
                                  values = c(genes), mart = ensembl_hsapiens)

【问题讨论】：

标签： r loops bioinformatics biomart

【解决方案1】：

试试类似的东西

result <- lapply(genes,function(x){getBM(attributes = c("external_gene_name", "hsapiens_paralog_associated_gene_name"), 
                                  filters = "ensembl_gene_id", 
                                  values = x, mart = ensembl_hsapiens)})

遍历你的基因载体。结果将是每个值的结果列表

【讨论】：

谢谢你成功了，我只需要找到一种方法将这些单独的列表合并到一个表中。抱歉，我是使用 R 的新手，所以我还需要学习很多东西
@denis getBM 已经向量化，因为它接受字符串向量为values。所以在这种情况下不需要lapply；只需使用getBM(..., values = genes, ...)。
@JackDean 合并列表，或者使用sapply 代替 lapply，或者如果输出是数据帧，你可以 rbind 或类似的东西
@MauritsEvers 我什至不知道这个函数是否是自制的，所以我提出了最简单的解决方案，考虑到问题中的信息（该函数适用于一个基因））。但事实上，如果函数是矢量化的，它会更简单
不用担心@denis。这不是批评，只是补充。 getBM使用BioMart API查询和提取基因信息，所以使用矢量化版本肯定会更快。

【解决方案2】：

首先，您没有提供reproducible, minimal example；如果您提供自包含的最少代码、说明您尝试过的内容、失败的内容以及预期结果，那么人们更有可能提供帮助。

除此之外，下面是一个基于您为genes 提供的数据的最小示例。

# Load the necessary library
library(biomaRt);

# Your vector of query gene symbols
genes <- c("FGF1", "BRCA1", "FOXP2");

# The relevant BioMart database and dataset
mart <- useMart(
    biomart = "ENSEMBL_MART_ENSEMBL",
    dataset = "hsapiens_gene_ensembl");

# Extract attributes from mart for every entry in values
getBM(
    attributes = c("external_gene_name", "hsapiens_paralog_associated_gene_name"),
    filters = "external_gene_name",
    values =  genes,
    mart = mart);
#    external_gene_name hsapiens_paralog_associated_gene_name
# 1                FGF1                                  FGF2
# 2               BRCA1
# 3               FOXP2                                 FOXP4
# 4               FOXP2                                 FOXP1
# 5               FOXP2                                 FOXP3
# 6               FOXP2                                 FOXO4
# 7               FOXP2                                 FOXO6
# 8               FOXP2                                 FOXO1
# 9               FOXP2                                 FOXO3
# 10              FOXP2                                 FOXM1

【讨论】：

很抱歉没有让自己更清楚，我是新来使用论坛的新手，如果我再次发帖会提供更多信息，感谢您的建议。
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