我如何告诉 R 包 Limma 在 read.idat() 中使用什么作为“目标”？答案

【问题标题】：How do I tell R package Limma what to use as "targets" in read.idat()?我如何告诉 R 包 Limma 在 read.idat() 中使用什么作为“目标”？
【发布时间】：2021-07-15 20:47:27
【问题描述】：

我正在分析一些微阵列数据。对于每个捐赠者，我都有一个“干预前”和一个“干预后”的 idat 文件。我已经使用 Limma 包和 read.idat() 函数成功地将这些读入 R。但是，生成的对象在目标中只有一列：“IDATfile”。我相信如果我使用 read.ilmn()，我会指定一个 targets.txt 文件，但在使用 read.idat() 时我看不到这个选项。例如。在Limma user guide Illumina 示例中，目标是“供体”、“年龄”和“细胞类型”。 我如何告诉 Limma 将什么作为目标？我想要“捐赠者”和“干预”。

我的意思的一个例子：

idatfiles <- dir(pattern="idat")
bgxfile <- dir(pattern="bgx")
x <- read.idat(idatfiles, bgxfile)
colnames(x$targets)
[1] "IDATfile"

我希望这是“捐赠者”和“干预”，而不是“IDATfile”。我可以通过执行 read.idat(..., dateinfo=TRUE) 将原始 IDAT 文件的其他一些列作为进一步的目标，但我不知道如何编辑这些列以使它们成为“捐赠者”和“干预” ：

[1] "IDATfile"   "ScanInfo"   "DecodeInfo"

如果需要更多信息，请告诉我，非常感谢任何帮助！

【问题讨论】：

标签： r bioinformatics data-analysis bioconductor limma

【解决方案1】：

如果您想简单地编辑列名，您可以使用：

colnames(x$targets) <- c("Donor")

但我认为行是目标数据框中的样本，所以这真的是你想要的吗？

http://web.mit.edu/~r/current/arch/i386_linux26/lib/R/library/limma/html/EList.html

targets data.frame 包含有关目标 RNA 样本的信息。行对应于样本。可以有任意数量的列。

【讨论】：