NanoStringDiff 计数不被识别为数字答案

【问题标题】：NanoStringDiff Counts are not recognized as numericNanoStringDiff 计数不被识别为数字
【发布时间】：2021-02-11 04:04:38
【问题描述】：

我正在尝试使用NanoStringDiff 包进行差异基因表达分析

但是，当我尝试使用函数NanoStringData = createNanoStringSetFromCsv(path, header = TRUE, designs) 构造数据集时，我一直收到错误消息：

rowSums(counts) 中的错误：'x' 必须是数字"

这里是我的数据表中的一部分：

 Code.Class                      Name         Accession  Neg1  Neg2  Neg3  Neg4  Neg5  Neg6  Neg7  Neg8  Neg9 Neg10
1       Positive                POS_A(128)      ERCC_00117.1 45453 40894 34717 41316 70468 55628 59547 62007 46769 53269
2       Positive                 POS_B(32)      ERCC_00112.1 14424 12902 11005 13898 22849 18664 20197 20309 15565 17069
3       Positive                  POS_C(8)      ERCC_00002.1  3967  3666  3156  3887  6246  4990  5305  5460  4207  4723
4       Positive                  POS_D(2)      ERCC_00092.1   935   880   714   866  1501  1212  1222  1269   970  1140
5       Positive                POS_E(0.5)      ERCC_00035.1   157   120   141   150   246   193   193   185   135   178
6       Positive              POS_F(0.125)      ERCC_00034.1    67    59    43    53   117    86    95    84    78    83

现在，我的代码示例和错误消息：

directory <- "C:/Users/san_c/OneDrive/Área de Trabalho/Nanostring/Analise1_GCBHIV_GCBNEG"
path <- paste(directory, "datasetGCB.csv",sep="/")

NanoStringData = createNanoStringSetFromCsv(path, header = TRUE, designs)
Error in rowSums(counts) : 'x' must be numeric

还有其他人收到这条消息吗？

【问题讨论】：

您的 csv 文件有问题。因为如果我使用您提供的示例，一切正常。您很可能需要先使用 read.csv 读取 csv 文件来检查它
如果您以某种方式共享文件，我也许可以为您检查它

标签： r bioconductor transcription

【解决方案1】：

预计您的前三个列标题将为'Code.Class'、'Name' 和'Accession'。确保您的数据保存为.csv

【讨论】：