使用 GEOquery 检索文件的注释答案

【问题标题】：Retrieve annotation for file using GEOquery使用 GEOquery 检索文件的注释
【发布时间】：2017-11-26 08:25:04
【问题描述】：

我想使用 GEOquery 检索文件的注释。我阅读的一种方法是使用 fData()，所以：

geoFile<-getGEO("GSE99511")
fData(geoFile)

然后我得到错误：

Error in (function (classes, fdef, mtable)  : 
  unable to find an inherited method for function ‘fData’ for signature ‘"list"’

有什么建议吗？

【问题讨论】：

【解决方案1】：

编辑：如果你想要“注释文件名”（大概是 GPL 平台），正确的方法是 annotation()。

错误告诉您问题所在：geoFile 是一个列表，fData 需要其他类型的对象。 ?fData 会告诉你它的期望。

如果您输入names(geoFile)，您可能会看到：

[1] "GSE99511_series_matrix.txt.gz"

如果您输入str(geoFile) 或更好，安装并加载dplyr 然后glimpse(geoFile)，您将看到对象的结构。

所有这些都告诉您，您需要将列表的第一个元素geoFile 提供给fData：

head(fData(geoFile$GSE99511_series_matrix.txt.gz))

你会想要使用head() 或glimpse()，否则数千行将打印到终端。

【讨论】：

我试过 head(fData()) 但这并没有给我注释文件名。如果您在命令行中键入 geoFile（或 geoFile$GSE99511_series_matrix.txt.gz），您将在末尾看到“注释”。那行是我想要检索的。
好的，然后使用annotation(g$GSE1001_series_matrix.txt.gz)。您的问题是关于使用 fData 的错误。