【发布时间】：2014-08-31 21:23:34
【问题描述】：
我环顾四周，似乎之前没有发布任何关于此的问题。我有两个带有一些坐标的 GRanges 对象，我想从另一个中减去一个的间隔。这与使用 findOverlaps() 或 intersect() 查找重叠不同。
例如：
granges.in
seqnames ranges$start ranges$end
chr01 1100 2000
chr01 2100 3000
chr02 1000 4000
chr03 1500 3500
granges.out
seqnames ranges$start ranges$end
chr01 1000 1200
chr02 2500 3000
chr03 1500 2000
chr03 3000 3500
我想要：
granges.ref
seqnames ranges$start ranges$end
chr01 1200 2000
chr01 2100 3000
chr02 1000 2500
chr02 3000 4000
chr03 2000 3000
以下工作，但它非常笨拙，我必须逐个染色体地做，因为每个染色体的间隔数在两个对象之间不匹配。
setdiff(ranges(genome.ref[seqnames(granges.in) == "chr01"]), ranges(interval[seqnames(granges.out)== "chr01"]))
有没有一种更快、更有效的方法来整体使用这两个 GRanges 对象？谢谢！
【问题讨论】：
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你应该问biostars.org
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setdiff也适用于 GRange 对象 - 这不是您想要的吗？ -
嗨 Gavin 感谢您的建议。我已经尝试过了，但它只给出不重叠的范围，直到它达到与 setdiff() 中的第一项相同的范围数量 - 它实际上并没有改变每个间隔的开始和结束位置
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奇怪，如果我这样做
x <- GRanges(c(1,1,2,3),IRanges(c(1100,2100,1000,1500), c(2000,3000,4000,3500)))和y <- GRanges(c(1,2,3,3), IRanges(c(1000,2500,1500,3000), c(1200,3000,2000,3500))))然后setdiff(x,y)大致满足您的要求。对你来说不是吗 - 也许检查你是否有最新版本的软件包？ -
您是否尝试在 setdiff() 中使用“ignore.strand=TRUE”参数？这可能会导致类似于上述问题的问题，因为 setdiff 是特定于链的（这也是它仅在范围上执行时有效的原因 - 因为您删除了链信息。）
标签： r bioinformatics range bioconductor genome