R Shiny中具有反应数据的动态图数

Question

我正在尝试制作一个 RShiny 应用程序，您可以从列表中选择一个基因，它会使用该基因的转录本显示不同的图表。然而，每个基因都有不同数量的转录本，因此每次选择不同的基因时都必须显示不同数量的图表。我现在的设置是，当一个人选择一个基因时，会创建一个新表，其中包含转录编号（要绘制的数据）以及所有转录名称的新列表（此列表的长度是我需要的地块）。这些是反应值。

下面，在服务器中，我创建了一个函数来创建我想要的图形，然后我通过索引到名称的反应列表来迭代函数的创建，因此它为每个名称创建一个图形（如每个名字都是不同的成绩单）。现在，代码正确地遍历所有名称，但只显示最后一个图。有没有办法显示每个情节？我尝试了很多不同的东西，从 renderUI 到使用本地调用，但无法弄清楚。

ui <- fluidPage(
    sidebarLayout(
        sidebarPanel(
    selectInput("var", label = "Choose a gene to display", names),
        mainPanel(
       plotOutput("tdot"))
))


server <- function(input, output) {
genename <- reactive({
    input$var
})

transTable2 <- reactive ({
    cbind(biofluids, select(transTable, starts_with(input$var)))
})

names <- reactive ({
    tableBF <- cbind(biofluids, select(transTable, starts_with(input$var)))
    n <- colnames(tableBF)
    final <- n[-1]
})



createUI <- function(name, table) {
    ggplot(table, aes_string(x = "biofluids", y = name))+geom_boxplot(aes(color = biofluids))+
        geom_boxplot(aes(fill = biofluids)) + scale_y_log10()+ylab( 'log10 normalized counts')+
        ggtitle(name)}

output$tdot <- renderPlot({
        lapply(1:length(names()), function(i) 
        createUI(names()[i], transTable2()))
})

}

# Run the application 
shinyApp(ui = ui, server = server)

以下是 iris 数据集的可重现示例，该示例将让用户选择一个类别（“Sepal”或“Petal”），然后为数据集中以该词开头的每一列创建一个图：

cats <- c("Sepal", "Petal")
ui <- fluidPage(
    sidebarLayout(
        sidebarPanel(
    selectInput("var", label = "Choose a category to display", cats),
        mainPanel(
       plotOutput("tdot"))
))


server <- function(input, output) {
category <- reactive({
    input$var
})

iris2 <- reactive ({
     select(iris, starts_with(input$var))
})

names <- reactive ({
    table2 <- select(transTable, starts_with(input$var))
    n <- colnames(table2)
})



createUI <- function(name, table) {
    ggplot(table, aes_string(x = "species", y = name))+geom_boxplot(aes(color = species))+
        geom_boxplot(aes(fill = species)) + scale_y_log10()+ylab( 'log10 normalized counts')+
        ggtitle(name)}

output$tdot <- renderPlot({
        lapply(1:length(names()), function(i) 
        createUI(names()[i], iris2()))
})

}

# Run the application 
shinyApp(ui = ui, server = server)

Answer 1

以下代码使用虹膜数据生成动态数量的输出。您应该能够根据您的数据进行调整。

  library(shiny)
  library(tidyverse)

  # Load data
  data("iris")

  # Add row id
  iris2 <- iris %>% mutate(ID = 1:n())

  # ui
  ui <- fluidPage(
    sidebarPanel(
      selectInput(inputId = "sel", label = "Select one or more parameters",
                  choices = names(iris2), multiple = TRUE)
    ),
    mainPanel(
      uiOutput("plots")
    )
  )

  # server
  server <- function(input, output, session){

    # Dynamically generate the plots based on the selected parameters
    observe({
      req(input$sel)
      lapply(input$sel, function(par){
        p <- ggplot(iris2, aes_string(x = "ID", y = par)) +
          geom_boxplot(aes(fill = Species, group=Species, color=Species)) +
          ggtitle(paste("Plot: ", par)) 
        output[[paste("plot", par, sep = "_")]] <- renderPlot({
          p
        },
        width = 380,
        height = 350)
      })
    })

    # Create plot tag list
    output$plots <- renderUI({
      req(input$sel)
      plot_output_list <- lapply(input$sel, function(par) {
        plotname <- paste("plot", par, sep = "_")
        plotOutput(plotname, height = '250px', inline=TRUE)
      })

      do.call(tagList, plot_output_list)

    })

  }

  shinyApp(ui, server)

它给出以下输出：