R：将二进制文件转换为光栅文件答案

【问题标题】：R: Convert Binary to Raster FileR：将二进制文件转换为光栅文件
【发布时间】：2019-01-08 21:01:24
【问题描述】：

我打算做的很简单。我下载了二进制文件（例如这个：ftp://ftp.star.nesdis.noaa.gov/pub/smcd/jhuang/npp.viirs.aerosol.data/edraot550/monthly/2015/），并希望使用 R 将它们转换为常规光栅格式（例如 tif）。这些文件包含有关气溶胶光学厚度的网格化全局数据。

我尝试使用x <- readBin(filename, "double", endian = "little") 读取文件。但是，生成的对象仅包含一个数字。插入另一个 what 选项而不是 double 只会更改给定的数字，但不能解决问题。

数据源没有提供头文件。文档 (ftp://ftp.star.nesdis.noaa.gov/pub/smcd/jhuang/npp.viirs.aerosol.data/edraot550/1README.txt) 提供了有关 Fortran 和 IDL 的 cmets，我完全没有经验。因此，在 R 中完成这个相当简单的任务会很棒。直觉上，解决方案应该是一两个命令的问题。

感谢您的任何 cmets 和建议。

【问题讨论】：

标签： r binary r-raster file-conversion rgdal

【解决方案1】：

类似于 Robert Hijmans 的回答，但从零开始创建光栅对象：

library(raster)

x <- readBin('~/Downloads/npp_aot550_edr_gridded_0.25_201503_201505_am.bin','double', n = 1036800, endian = "little")

x[x < -900] <- NA

m <- matrix(data = x, nrow = 720, ncol = 1440, byrow = T)

r <- flip(raster(m, xmn=-180, xmx=180, ymn=-90, ymx=90),direction = 2)

library(classInt)
library(RColorBrewer)
library(sp)

pal = brewer.pal(7,"Greens")
brks.qt = classIntervals(x[!is.na(x)], n = 7, style = "quantile")

spplot(r, at=brks.qt$brks,col.regions=pal)

顺便说一句，当我读取值时，有 -999.9，而不是文档中所说的 -9999.0。

【讨论】：

【解决方案2】：

对于这个文件：

g <- 'npp_aot550_edr_gridded_0.25_201503_201505_am.bin.gz'

先解压

library(R.utils)
gunzip(g)

现在您可以使用list.files 来获取bin 文件

f <- list.files(pattern='\\.bin$')[1]

但是我只会硬编码它：

f <- 'npp_aot550_edr_gridded_0.25_201503_201505_am.bin'

制作与描述的分辨率相匹配的模板栅格以获取范围和分辨率。

library(raster)
r <- raster(res=.25)

保存到文件。数据类型设置文件大小，这就是我可以看到它必须是“FLT8S”的方式。

writeRaster(r, 'test.grd', datatype='FLT8S', overwrite=T)

复制标题

file.copy('test.grd', extension(f, '.grd'))

用值重命名文件

file.rename(f, extension(f, '.gri'))

创建一个 RasterLayer 对象并设置正确的 NA 标志值

r <- raster(extension(f, '.gri'))
NAvalue(r) <- -999.9

这些值是从下到上存储的，因此需要“翻转”。我在同一步骤中将它们保存到 tif 文件中

x <- flip(r, 'y', filename=extension(f, 'tif'))

【讨论】：