尽管所有栅格都存在堆栈和砖块功能错误

Question

大家好..

我有 13 个生物气候变量（.tiff 格式），我将使用 dismo 包来执行 sdm。 我遵循了 Robert J. Hijmans 和 Jane Elith 编写的教程。 但是，当我尝试堆叠所有变量时，出现以下错误

.local(.Object, ...) 中的错误：

.rasterObjectFromFile(x, band = band, objecttype = "RasterLayer", 中的错误： 无法从此文件创建 RasterLayer 对象。

我的文件的所有坐标系、范围和像元大小都已调整，因此它们都相同.. 当我尝试使用替代砖块功能时，出现以下错误：

.rasterObjectFromFile(x, objecttype = "RasterBrick", ...) 中的错误： 无法从此文件创建 RasterLayer 对象。 另外：有12条警告（使用warnings()查看）

我使用了 warning() 消息，但它是空的..

你们中的任何人对可能导致此类错误的原因有任何提示吗？ 我试过谷歌它，但不幸的是，没有答案可以解决它。 提前谢谢你..

这里显示的是成绩单的一部分

#setting the workspace
 setwd("D:/Riset/MaxentSelaginella/newpaperproject_part2/MakalahVI/Workspace_R")

#Loading Libraries
 library("sp")
 library("raster")
 library("maptools")
 library("rgdal")
 library("dismo")
 library("rJava")

 #open the csv file
 obs.data <- read.csv(file = "data3/Selaginella_plana.csv", sep = ",")

 #open Environmental Data
 files <- list.files(path = "data3/tif/", pattern = ".tif", full.names=TRUE)

 #stacking all the files
  predictors <- brick(files)

Answer 1

我猜你需要使用stack 而不是brick。按照brick的帮助，其实：

RasterBrick 是一个多层光栅对象。它们通常由 多层（带）文件；但它们也可以完全存在于内存中。 它们类似于 RasterStack（可以使用堆栈创建），但处理 使用 RasterBrick 时，时间应该更短。 但它们的灵活性较差，因为它们只能指向单个文件。

所以，如果我们尝试“堆叠”多个文件：

library(raster)
r <- raster(ncols = 100, nrows = 100, vals = 1:10000)
rfile1 <- tempfile(fileext = ".tif")
writeRaster(r, filename = rfile1)
rfile2 <- tempfile(fileext = ".tif")
writeRaster(r, filename = rfile2)

files_to_stack <- c(rfile1, rfile2)

这失败了：

brick(files_to_stack)
#> Warning in if (x == "" | x == ".") {: the condition has length > 1 and only
#> the first element will be used
#> Warning in if (!start %in% c("htt", "ftp")) {: the condition has length > 1
#> and only the first element will be used
#> Warning in if (fileext %in% c(".GRD", ".GRI")) {: the condition has length
#> > 1 and only the first element will be used
#> Warning in if (!file.exists(x)) {: the condition has length > 1 and only
#> the first element will be used
.....
#> Error in .rasterObjectFromFile(x, objecttype = "RasterBrick", ...): Cannot create a RasterLayer object from this file.

虽然这有效：

stack(files_to_stack)
#> class       : RasterStack 
#> dimensions  : 100, 100, 10000, 2  (nrow, ncol, ncell, nlayers)
#> resolution  : 3.6, 1.8  (x, y)
#> extent      : -180, 180, -90, 90  (xmin, xmax, ymin, ymax)
#> coord. ref. : +proj=longlat +datum=WGS84 +no_defs +ellps=WGS84 +towgs84=0,0,0 
#> names       : file46e41bcd78e3, file46e43ea75bad 
#> min values  :                1,                1 
#> max values  :            10000,            10000

如果您想拥有brick 以进一步提高“效率” 处理，你可以将不同的“层”保存为多波段 tiff，然后使用砖打开：

rfile_multi <- tempfile(fileext = ".tif")
writeRaster(stack(files_to_stack), filename = rfile_multi)
brick(rfile_multi)

#> class       : RasterBrick 
#> dimensions  : 100, 100, 10000, 2  (nrow, ncol, ncell, nlayers)
#> resolution  : 3.6, 1.8  (x, y)
#> extent      : -180, 180, -90, 90  (xmin, xmax, ymin, ymax)
#> coord. ref. : +proj=longlat +datum=WGS84 +no_defs +ellps=WGS84 +towgs84=0,0,0 
#> data source : D:\RTemp\RtmpacXztJ\file4808784f268c.tif 
#> names       : file4808784f268c.1, file4808784f268c.2 
#> min values  :                  1,                  1 
#> max values  :              10000,              10000

^{由reprex package (v0.2.1) 于 2018 年 11 月 10 日创建}