writeCDF 未写入的栅格的范围和 crs

Question

在 netCDF 文件中写入栅格时，我总是收到警告消息：“[rast] unknown extent”。实际上，范围没有写入外部文件。 crs也不是。

library(terra)
#terra version 1.0.2

r <- rast(ncol=2, nrow=2, vals=c(5.3, 7.1, 3, 1.2))
crs(r)<-"epsg:27572"
ext(r)
#SpatExtent : -180, 180, -90, 90 (xmin, xmax, ymin, ymax)

t<-writeCDF(r,"test.ncdf",overwrite=TRUE)
#Warning message:
#[rast] unknown extent
 
ext(t)  # extension is not correct
#SpatExtent : 0, 1, 0, 1 (xmin, xmax, ymin, ymax)

crs(t)  # crs is not correct
#[1] "GEOGCRS[\"unknown\",\n    DATUM[\"World Geodetic System 1984\",\n     ...

也许这里使用了一种特殊的语法。我探索了?writeCDF，但找不到任何线索。提前感谢您的帮助。

Answer 1

这指向 GDAL 的一个问题 --- 取决于您是否认为 .ncdf 是 netCDF 文件的常见文件扩展名。

library(terra)
#terra version 1.0.3
r <- rast(ncol=2, nrow=2, vals=c(5.3, 7.1, 3, 1.2))

注意不同的文件扩展名，.nc、.cdf、.ncdf 或缺失。

# ok
x <- writeCDF(r, "test1.nc", overwrite=TRUE)
y <- writeCDF(r, "test2.cdf", overwrite=TRUE)

# not ok
z <- writeCDF(r, "test3.ncdf", overwrite=TRUE)
#Warning message:
#[rast] unknown extent
a <- writeCDF(r, "test4", overwrite=TRUE)
#Warning message:
#[rast] unknown extent

GDALinfo 显示：

describe("test1.nc")[1] 
#[1] "Driver: netCDF/Network Common Data Format"
describe("test3.ncdf")[1]
#[1] "Driver: HDF5Image/HDF5 Dataset"

看起来GDAL在扩展名为.nc或.cdf时首先尝试netCDF驱动程序，但是当它是.ncdf或缺少时它首先尝试HDF5驱动程序---并且因为这不会失败（警告来自 terra，而不是来自 GDAL），这就是它所使用的。

这是windows上的GDAL版本。

gdal()
#[1] "3.0.4"

我看到 GDAL 2.2.3 在 linux 上和 3.2.0 在 mac 上的行为相同。

您可以通过不使用.ncdf 或在打开文件时指定驱动程序来解决此问题：

rast('NETCDF:"test3.ncdf"')
#class       : SpatRaster 
#dimensions  : 2, 2, 1  (nrow, ncol, nlyr)
#resolution  : 180, 90  (x, y)
#extent      : -180, 180, -90, 90  (xmin, xmax, ymin, ymax)
#coord. ref. : +proj=longlat +datum=WGS84 +no_defs 
#source      : NETCDF:test1.ncdf 
#varname     : test1 
#name        : test1 

我不认为 CRS 有什么问题（与crs(r) 相同）。但是，我应该注意到 terra 将 proj4 和 wkt 字符串写入 ncdf 文件，并且在这方面不遵循 ncdf 标准。

（您问的是关于仅在 terra 开发版本中可用的方法的问题。我非常感谢，但在这种情况下，在 terra github site 上提出问题会更合适。我将编写 writeCDF当文件扩展名不是.nc或.cdf时给出警告）