Picard SamToFastq 仅提取一次读取，然后引发错误答案

【问题标题】：Picard SamToFastq only extracts one read, then throws an errorPicard SamToFastq 仅提取一次读取，然后引发错误
【发布时间】：2012-06-22 16:06:11
【问题描述】：

我正在尝试从 bam 文件中提取一些 FastQ 文件。 Picard 可以使用 SamToFastq 执行此操作，正如该工具的文档中所说，它接受 bam 或 sam 文件。

但是当我运行它时，它只提取一个读取，然后退出。这是错误消息。任何帮助表示赞赏。

[davy@xxxx picard-tools-1.70]$ java -jar SamToFastq.jar I=/home/davy/xxx_trio_data/xxxx-1.bam F=/home/davy/xxx_trio_data/1005-1.fastq
[Wed Jun 20 14:14:21 BST 2012] net.sf.picard.sam.SamToFastq INPUT=/home/davy/xxx_trio_data/xxxx-1.bam FASTQ=/home/davy/xxxx_trio_data/xxxx-1.fastq    OUTPUT_PER_RG=false RE_REVERSE=true INCLUDE_NON_PF_READS=false READ1_TRIM=0 READ2_TRIM=0 INCLUDE_NON_PRIMARY_ALIGNMENTS=false VERBOSITY=INFO QUIET=false VALIDATION_STRINGENCY=STRICT COMPRESSION_LEVEL=5 MAX_RECORDS_IN_RAM=500000 CREATE_INDEX=false CREATE_MD5_FILE=false
[Wed Jun 20 14:14:21 BST 2012] Executing as davy@xxxxx.xxxx.xxxx.xx.xx on Linux 2.6.34.9-69.fc13.x86_64 amd64; OpenJDK 64-Bit Server VM 1.6.0_18-b18; Picard version: 1.70(1215)
[Wed Jun 20 14:14:21 BST 2012] net.sf.picard.sam.SamToFastq done. Elapsed time: 0.00 minutes.
Runtime.totalMemory()=2029715456
FAQ:  http://sourceforge.net/apps/mediawiki/picard/index.php?title=Main_Page
Exception in thread "main" java.lang.IndexOutOfBoundsException: Index: 1, Size: 1
        at java.util.ArrayList.rangeCheck(ArrayList.java:571)
        at java.util.ArrayList.get(ArrayList.java:349)
        at net.sf.picard.sam.SamToFastq.doWork(SamToFastq.java:156)
        at net.sf.picard.cmdline.CommandLineProgram.instanceMain(CommandLineProgram.java:177)
        at net.sf.picard.sam.SamToFastq.main(SamToFastq.java:118)

【问题讨论】：

标签： bioinformatics dna-sequence fastq picard bam

【解决方案1】：

事实证明，数据是配对结束的，而不是像我最初想象的那样单次读取，并且 picard 在这种情况下需要第二个输出文件，使用 SECOND_END_FASTQ 选项指定。

【讨论】：