【问题标题】:from dgl.data.chem import mol_to_bigraph, smiles_to_bigraph does not work从 dgl.data.chem 导入 mol_to_bigraph,smiles_to_bigraph 不起作用
【发布时间】:2021-01-12 08:38:11
【问题描述】:

我正在研究基于分子的图分类问题。我的数据是 SMILES,我想将其转换为图形并使用 DGL 包构建模型。

我已经在 spyder 和 中使用 pip install dgl 安装了 dgl 包!在谷歌 colab 中 pip install dgl。我可以使用 import dgl 导入这个包,但是当我使用 from dgl.data.chem import mol_to_bigraph, smiles_to_bigraph 时,它给了我这个错误:

没有名为“dgl.data.chem”的模块

这里有什么问题?有没有人有修复此错误的经验?谢谢。

【问题讨论】:

    标签: python graph import dgl


    【解决方案1】:

    他们将它们移至分支图书馆 DGL Life。

    签出此文档。

    https://lifesci.dgl.ai/api/utils.mols.html

    【讨论】:

      【解决方案2】:

      我不确定 chem 数据集是否存在。我安装了 dgl 包,它不在我可以看到的 dgl/data 目录中。我也没有在 dgl docs 中看到它。

      【讨论】:

      • 哦,是的,我也在这里检查了我的,数据中没有化学成分。谢谢你。是因为版本不同吗?看起来smiles_to_bigraph 很方便。
      • 您的帖子引起了我的注意,因为我曾经在 ChemDraw 中处理 SMILES 数据,但除此之外我不熟悉 dgl 包。自大学以来我就没有做过分子建模工作(不幸的是!)
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