ImageJ（插件Java）：自动阈值方法不起作用

Question

我尝试将 Java 插件写入 ImageJ，应该：

• 加载图像（24 位）。
• 做一些预处理操作。
• 用多种方法对图像进行阈值处理。
• 做一些其他的操作。

阈值操作有问题。我的部分代码如下所示：

Opener opener = new Opener();
ImagePlus imp = opener.openImage(source);
// Preprocessing
IJ.run("Threshold..." , method);
// Other operations e.g. "open", "outline" etc.
IJ.saveAs(destination);

我的目标是通过各种方法（例如“Default”、“Huang”、“Intermodes”、“IsoData”、“Li”等）获得二值化图像。 我可以获得二值化图像的唯一方法是运行：

IJ.run(imp, "8-bit", "");
IJ.run(imp, "Make Binary", "");

但是，我只用一种方法二值化了图像。 如何通过运行Java代码（ImageJ插件）做自动阈值？

Answer 1

Threshold dialog 中的自动阈值方法都是处理单通道（8 位或 16 位）图像的算法。在Color Threshold 对话框中，它们专门应用于 24 位彩色图像的 亮度 通道。

要在 Java 中重现这一点，请使用以下代码：

IJ.run(imp, "HSB Stack", "");
imp.setSlice(3);
IJ.setAutoThreshold(imp, "Triangle dark");
Prefs.blackBackground = true;
IJ.run(imp, "Convert to Mask", "only");

（将图像转换为 8 位无非就是使用 Brightness 通道，丢弃色相和饱和度信息。除非你真的使用 Color Threshold 中的其他滑块 对话框，您也可以在应用阈值之前将图像转换为 8 位。）

Answer 2

您似乎错误地使用了IJ.run 方法。第一个参数是一个包含 ImageJ 命令的字符串，第二个参数是一个包含此命令选项的字符串。来自文档：

public static void run(java.lang.String 命令， java.lang.String 选项）

运行一个 ImageJ 命令，带有传递给 GenericDialog 和 OpenDialog 类。不返回，直到 命令已完成执行。要生成 run() 调用，请启动 记录器（插件/宏/记录）并从 ImageJ 菜单运行命令 吧。

您还可以使用 GUI 录制宏，Plugins->Macros->Record...，将录制模式设置为 Java，并选择所需的方法和阈值。你会得到这样的东西：

// Color Thresholder 1.49i
// Autogenerated macro, single images only!
min=newArray(3);
max=newArray(3);
filter=newArray(3);
a=getTitle();
run("HSB Stack");
run("Convert Stack to Images");
selectWindow("Hue");
rename("0");
selectWindow("Saturation");
rename("1");
selectWindow("Brightness");
rename("2");
min[0]=139;
max[0]=254;
filter[0]="pass";
min[1]=48;
max[1]=110;
filter[1]="pass";
min[2]=189;
max[2]=255;
filter[2]="pass";
for (i=0;i<3;i++){
  selectWindow(""+i);
  setThreshold(min[i], max[i]);
  run("Convert to Mask");
  if (filter[i]=="stop")  run("Invert");
}
imageCalculator("AND create", "0","1");
imageCalculator("AND create", "Result of 0","2");
for (i=0;i<3;i++){
  selectWindow(""+i);
  close();
}
selectWindow("Result of 0");
close();
selectWindow("Result of Result of 0");
rename(a);
// Colour Thresholding-----------------