使用 ImageJ 从多个 ROI 获取 ImagePlus 对象答案

【问题标题】：Get ImagePlus objects from multiple ROIs using ImageJ使用 ImageJ 从多个 ROI 获取 ImagePlus 对象
【发布时间】：2018-05-30 18:59:07
【问题描述】：

我正在使用 ImageJ 的 Java API，需要根据多个选定的 ROI（感兴趣区域）计算一些数据。

首先，我使用

获取当前 ROI 管理器的实例

RoiManager roiMng = RoiManager.getInstance();

然后，我使用 Roi[] rois = roiMng.getRoisAsArray(); 获得经理中的所有 ROI。

从这里，我需要获取 ROI 中的图像并从中获取一些数据。但是，我似乎只有在 ROI 上调用 getImage() 时才会返回 Null。

做类似的事情，

Roi roi = rois[0];
ImagePlus foo = roi.getImage();
int height = foo.getHeight();

在foo.getHeight() 行给我“java.lang.NullPointerException”。

有人对这里可能发生的事情有任何想法吗？

谢谢！

【问题讨论】：

标签： java image-processing computer-vision imagej roi

【解决方案1】：

您需要在 ImagePlus 上设置 roi。然后你可以通过调用duplicate()方法复制由活动ROI定义的图像部分。

ImagePlus imp = IJ.getImage(); // get the (current) image from the active/selected window
...
imp.setRoi(rois[0]);
ImagePlus roiImp = imp.duplicate();

这样您将获得由 ROI 边界框定义的图像。如果设置了 ROI，则复制方法会创建整个图像或 roi 图像的副本。

如果您不需要像素数据，但需要获取基于 ROI 的统计信息，您可能需要查看https://imagej.nih.gov/ij/developer/api/ij/ImagePlus.html#getStatistics-- 和 https://imagej.nih.gov/ij/developer/api/ij/gui/Roi.html#getStatistics--

希望对你有帮助

菲利克斯

【讨论】：

原来检索 ImagePlus 对象是多余的，我需要的只是 getStatistics。非常感谢！