【发布时间】:2019-05-12 17:48:53
【问题描述】:
我正在使用 Python/Selenium 将基因序列提交到在线数据库,并希望保存我返回的整页结果。下面是让我得到我想要的结果的代码:
from selenium import webdriver
URL = 'https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?PROGRAM=blastx&PAGE_TYPE=BlastSearch&LINK_LOC=blasthome'
SEQUENCE = 'CCTAAACTATAGAAGGACAGCTCAAACACAAAGTTACCTAAACTATAGAAGGACAGCTCAAACACAAAGTTACCTAAACTATAGAAGGACAGCTCAAACACAAAGTTACCTAAACTATAGAAGGACAGCTCAAACACAAAGTTACCTAAACTATAGAAGGACA' #'GAGAAGAGAAGAGAAGAGAAGAGAAGAGAAGAGAAGAGAAGAGAAGAGAAGAGAAGAGAAGAGAAGAGAAGAGAAGAGAAGAGAAGAGAAGAGAAGAGAAGAGAAGAGAAGAGAAGAGAAGAGAAGAGAAGA'
CHROME_WEBDRIVER_LOCATION = '/home/max/Downloads/chromedriver' # update this for your machine
# open page with selenium
# (first need to download Chrome webdriver, or a firefox webdriver, etc)
driver = webdriver.Chrome(executable_path=CHROME_WEBDRIVER_LOCATION)
driver.get(URL)
time.sleep(5)
# enter sequence into the query field and hit 'blast' button to search
seq_query_field = driver.find_element_by_id("seq")
seq_query_field.send_keys(SEQUENCE)
blast_button = driver.find_element_by_id("b1")
blast_button.click()
time.sleep(60)
那时我有一个页面,我可以手动单击“另存为”并获取一个本地文件(带有相应的图像/js 资产文件夹),让我可以在本地查看整个返回的页面(减去内容通过向下滚动页面动态生成,这很好)。我认为有一种简单的方法可以在 python/selenium 中模拟这个“另存为”函数,但还没有找到。保存下面页面的代码只是保存了 html,并没有给我留下一个看起来像在 Web 浏览器中的本地文件、图像等。
content = driver.page_source
with open('webpage.html', 'w') as f:
f.write(content)
我也找到了this question/answer on SO,但接受的答案只是打开了“另存为”框,并没有提供点击它的方法(正如两位评论者指出的那样)
有没有一种简单的方法可以使用 python 将[整页]另存为'?理想情况下,我更喜欢使用 selenium 的答案,因为 selenium 使爬行部分如此简单,但如果有更好的工具来完成这项工作,我愿意使用另一个库。或者我只需要在代码中指定我要下载的所有图像/表格,并且没有模拟右键单击“另存为”功能的快捷方式?
更新 - 詹姆斯回答的后续问题
因此,我运行了 James 的代码以生成 page.html(和相关文件)并将其与手动单击另存为获得的 html 文件进行比较。通过 James 的脚本保存的 page.html 非常棒,它拥有我需要的一切,但是在浏览器中打开时,它还会显示许多隐藏在手动保存页面中的额外格式文本。请参阅随附的屏幕截图(左侧是手动保存的页面,右侧显示的是脚本保存的页面以及额外的格式文本)。
这让我特别惊讶,因为 James 脚本保存的页面的原始 html 似乎表明这些字段仍应隐藏。参见例如下面的 html,在两个文件中显示相同,但有问题的文本仅出现在 James 脚本保存的浏览器渲染页面中:
<p class="helpbox ui-ncbitoggler-slave ui-ncbitoggler" id="hlp1" aria-hidden="true">
These options control formatting of alignments in results pages. The
default is HTML, but other formats (including plain text) are available.
PSSM and PssmWithParameters are representations of Position Specific Scoring Matrices and are only available for PSI-BLAST.
The Advanced view option allows the database descriptions to be sorted by various indices in a table.
</p>
知道为什么会这样吗?
【问题讨论】:
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感谢这个 Moshe,尽管从描述中它保存“页面的 html 内容(没有 CSS)并且它还查找页面上的所有图像并保存它们”这不是我的样子寻找。此外,对我来说更重要的是,我想利用像 Selenium 或 Scrapy 这样的爬虫工具,因为我需要做一些爬虫才能到达我的结果页面,我不能只提供一个 URL 作为输入。我也更喜欢使用像 Selenium/Scrapy/bs4 这样的工具,而不是像这个答案那样使用正则表达式来解析 html。
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您会考虑使用 Firefox 插件的有效解决方案吗?将this answer 翻译成 Python 看起来是一个可行的任务。
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感谢托马斯的建议。尽管该答案指的是 firefox 插件的以下死链接 - addons.mozilla.org/de/firefox/addon/scrapbook。谷歌搜索,我找到addons.mozilla.org/en-US/firefox/addon/web-scrapbook,但它有以下粗体警告文本“此插件正在开发中。未来每个功能都可能发生变化。在生产中谨慎使用并确保经常备份。“所以我现在可能不会围绕这个进行构建,但我很感谢你指点我
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我在单击另存为按钮时遇到了类似的问题。解决方案是使用 pywin32 单击另存为按钮。stackoverflow.com/questions/1181464/…
标签: python selenium web-scraping web-crawler bioinformatics