使用相同编号文件的两个不同文件夹运行 python 代码的 Shell 脚本

Question

我有两个文件夹，每个文件夹都包含具有相同编号系统的文件，这是文件名的一部分。 例如，

文件夹 1 有：

  001file_read.txt, 002file_read.txt, until 650file_read.txt

文件夹 2 有：

  001filtr.tsv, 002filtr.tsv, until 650filtr.tsv

我想使用 shell 脚本运行一个 python 代码，它基本上运行如下：

 python my_python_prog.py 001file_read.txt  001filtr.tsv

问题是因为我有大量的两个文件夹的文件。我想找到一种方法只运行一次命令，它将自动运行从文件夹 1 到文件 001 到文件夹 2 的文件 001 和从文件夹 2 到文件 002 的文件 002，依此类推，直到两个文件夹的文件 650。如何使用 shell 脚本做到这一点？

非常感谢您提前提供的帮助，

Answer 1

如果你有 bash，你可以使用这样的脚本：

#!/bin/bash 

for i in {001..650}; do
    file_read=dir1/${i}file_read.txt
    file_filtr=dir2/${i}filtr.tsv
    if [[ -f $file_read ]] && [[ -f $file_filtr ]]; then
        python my_python_prog.py "$file_read" "$file_filtr"
    fi
done

这会遍历从000 到650 的所有数字，检查这两个文件是否都存在，如果存在则执行python 命令。

如果你没有 bash，你可以通过做一些改变来达到同样的效果：

#!/bin/sh

while (( ++i <= 650 )); do
    n=$(printf '%03d' "$i")
    file_read=dir1/${n}file_read.txt
    file_filtr=dir2/${n}filtr.tsv
    if [ -f "$file_read" ] && [ -f "$file_filtr" ]; then
        python my_python_prog.py "$file_read" "$file_filtr"
    fi
done

或者，您可以修改您的 python 脚本，在其中执行循环，并使用os.path.isfile() 来验证这两个文件是否存在。这种方法的优点是您不会调用脚本 650 次。