【问题标题】:Parsing issues bringing CSVs from Kaggle into pandas dataframe将 Kaggle 中的 CSV 带入 pandas 数据框的解析问题
【发布时间】:2018-05-24 10:15:46
【问题描述】:

编辑:想通了,并在下面回答。这可能对将来直接从 kaggle 下载 csv 文件的其他新手有所帮助。我没有意识到即使 wget 显示为下载 csv 文件,它们实际上是 zip。

我是 pandas 的新手,一般都在使用这些数据集。我安装并升级到最新版本的 kaggle-cli,将一些 kaggle 数据集下载到我自己的 VM 中,以便在 Jupyter 中使用:

[root@sandbox ~]# kg dataset -u "me" -p "mypassword" -o "sohier" -d "london-police-records"
downloading https://www.kaggle.com/sohier/london-police-records/downloads/london-outcomes.csv

london-outcomes.csv 100% |##################################################################################| Time: 0:00:03  37.7 MiB/s

downloading https://www.kaggle.com/sohier/london-police-records/downloads/london-stop-and-search.csv

london-stop-and-search.csv 100% |###########################################################################| Time: 0:00:00   5.3 MiB/s

downloading https://www.kaggle.com/sohier/london-police-records/downloads/london-street.csv

london-street.csv 100% |####################################################################################| Time: 0:00:02  42.8 MiB/s

下载本身没有问题。当我尝试使用 pandas 处理数据时:

将熊猫导入为 pd

london_street = pd.read_csv('london-street.csv')

我明白了:

---------------------------------------------------------------------------
ParserError                               Traceback (most recent call last)
<ipython-input-16-b1c1b3a6a38f> in <module>()
----> 1 london_street = pd.read_csv('london-street.csv')

/opt/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/pandas/io/parsers.py in parser_f(filepath_or_buffer, sep, delimiter, header, names, index_col, usecols, squeeze, prefix, mangle_dupe_cols, dtype, engine, converters, true_values, false_values, skipinitialspace, skiprows, nrows, na_values, keep_default_na, na_filter, verbose, skip_blank_lines, parse_dates, infer_datetime_format, keep_date_col, date_parser, dayfirst, iterator, chunksize, compression, thousands, decimal, lineterminator, quotechar, quoting, escapechar, comment, encoding, dialect, tupleize_cols, error_bad_lines, warn_bad_lines, skipfooter, skip_footer, doublequote, delim_whitespace, as_recarray, compact_ints, use_unsigned, low_memory, buffer_lines, memory_map, float_precision)
    653                     skip_blank_lines=skip_blank_lines)
    654 
--> 655         return _read(filepath_or_buffer, kwds)
    656 
    657     parser_f.__name__ = name

/opt/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/pandas/io/parsers.py in _read(filepath_or_buffer, kwds)
    409 
    410     try:
--> 411         data = parser.read(nrows)
    412     finally:
    413         parser.close()

/opt/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/pandas/io/parsers.py in read(self, nrows)
   1003                 raise ValueError('skipfooter not supported for iteration')
   1004 
-> 1005         ret = self._engine.read(nrows)
   1006 
   1007         if self.options.get('as_recarray'):

/opt/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/pandas/io/parsers.py in read(self, nrows)
   1746     def read(self, nrows=None):
   1747         try:
-> 1748             data = self._reader.read(nrows)
   1749         except StopIteration:
   1750             if self._first_chunk:

pandas/_libs/parsers.pyx in pandas._libs.parsers.TextReader.read (pandas/_libs/parsers.c:10862)()

pandas/_libs/parsers.pyx in pandas._libs.parsers.TextReader._read_low_memory (pandas/_libs/parsers.c:11138)()

pandas/_libs/parsers.pyx in pandas._libs.parsers.TextReader._read_rows (pandas/_libs/parsers.c:11884)()

pandas/_libs/parsers.pyx in pandas._libs.parsers.TextReader._tokenize_rows (pandas/_libs/parsers.c:11755)()

pandas/_libs/parsers.pyx in pandas._libs.parsers.raise_parser_error (pandas/_libs/parsers.c:28765)()

ParserError: Error tokenizing data. C error: Expected 1 fields in line 3, saw 2

我查找了我能找到的最相似的问题,并尝试了使用 sep 参数和其他一些设置的各种选项(这只是以不同的方式破坏了解析),但是看看这个项目本身和数据汇总:

https://www.kaggle.com/sohier/london-police-records/data

看起来应该很简单。在我可以将它用作干净的 csv 文件之前,Kaggle 是否会处理我需要做一些额外的外部数据下载?

【问题讨论】:

  • 我的猜测是 csv 文件太大而无法放入内存。文件有多大? read_csv 是否为您提供了限制它读取的数字行的选项?这至少会将解析格式问题与内存问题分开。
  • @hpaulj 我尝试添加 nrows=20 但结果是一样的。根据最后一行,格式肯定有问题:ParserError: Error tokenizing data。 C 错误:第 3 行中应有 1 个字段,看到 2
  • 现在错误看起来与每行的列数有关。第一行可能是标题或 cmets,应该跳过。
  • 它对我来说很好。我确实注意到第 4 行(或第 3 行数据)以空条目开头。你用的是什么版本的熊猫?如果它是旧的,pandas 可能无法识别空值(并认为您的行的值太少)。
  • 看起来像 0.20.3。虚拟机对于我所参加的课程来说是开箱即用的,我真的不太了解引擎盖下的内容并安装在操作系统中,这是过时的吗?

标签: python pandas jupyter kaggle


【解决方案1】:

我想通了。问题是即使 wget 上的下载结果将文件称为 .csv,它实际上是下载的 zip。

mv london-street.csv london-street.zip

unzip london-street.zip

这是实际的 csv:

# ls
london-street.csv
london-street.zip

把它拉进去
london_street = pd.read_csv('london-street.csv')
london_street

并且能够毫无问题地查看数据。

【讨论】:

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