如何在 R 语言的 kaggle 内核中安装 tensorflow-probability

Question

我需要在 R 语言的 kaggle 内核中安装 tensorflow-probability。

我尝试使用以下代码，

library(tensorflow)
install_tensorflow(extra_packages = "tensorflow-probability")

这似乎只安装 tensorflow，当我尝试加载依赖于 tensorflow-probability 的包 greta 时，出现以下错误，

Error: 

greta requires TensorFlow (>=1.10.0) and Tensorflow Probability (>=0.5.0), but TensorFlow Probability isn't installed. Use:

install_tensorflow(extra_packages = "tensorflow-probability") 
to install the latest version.

还尝试通过自定义软件包选项安装它，显示为已安装，但 greta 提到它未安装。

Answer 1

关键问题是预装的r-tensorflow虚拟环境不在默认位置，导致install_tensorflow()方法无法对其进行编辑。为了解决这个问题，首先必须设置WORKON_HOME 环境变量，Reticulate 使用它来识别 virtualenv 环境的根。我能够按照以下方式进行正确安装：

# set virtualenv root to where 'r-tensorflow' env is located
Sys.setenv(WORKON_HOME="/root/.virtualenvs")

# install greta
install.packages("greta")

# install tfp
tensorflow::install_tensorflow(envname="r-tensorflow", extra_packages=c("tensorflow-probability==0.3.0"))

# check that TFP is installed in the env
dir("/root/.virtualenvs/r-tensorflow/lib/python2.7/site-packages")
## ...
## [56] "tensorflow"                            
## [57] "tensorflow_probability"                
## [58] "tensorflow_probability-0.3.0.dist-info"
## [59] "tensorflow-1.10.0.dist-info"
## ...

按照这些思路，我创建了运行默认 Greta 示例的 a public Kaggle kernel available。

以上代码导致安装 Greta v0.3.0、TF 1.10.0 和 TFP 0.3.0，这是正确的版本匹配。我还能够使用

安装最新版本

# set virtualenv root to where 'r-tensorflow' env is located
Sys.setenv(WORKON_HOME="/root/.virtualenvs")

# install latest greta
devtools::install_github("greta-dev/greta")

# install tfp
tensorflow::install_tensorflow(envname="r-tensorflow", version="1.13.1", extra_packages=c("tensorflow-probability==0.6.0"))

这也让library(greta) 毫无怨言地启动。但是，它在采样期间崩溃了，并抱怨assertthat 包被损坏。请注意，assertthat 会作为从 GitHub 安装的 Greta 的一部分进行更新，这就是我最终使用 CRAN 版本的原因。

希望未来 Kaggle 只包含 TFP，而不必处理这个烂摊子。