将变量传递给 python 中的 subproccess.call sed 命令答案

【问题标题】：Passing a variable into a subproccess.call sed command in python将变量传递给 python 中的 subproccess.call sed 命令
【发布时间】：2019-09-15 03:10:44
【问题描述】：

问题

我想将我的字典中的“值”变量（从简单的 csv 文件创建）传递到 python 中的子进程 sed 调用中，问题是我收到错误：

sed：-e 表达式#1，字符 1：未知命令：`''

当我运行以下脚本时：

import sys
import subprocess

speciesdictfile = open("speciesfiletest.csv",'r')

file = sys.argv[1]

dict = {}

for line in speciesdictfile:
    fields = line.split(',')
    dict[fields[0]] = fields[1]


for line in file:
    for key, value in dict.items():
        if file == key:
            subprocess.call(["sed", "'s/>/>" + value + "_/g'", file])

当我尝试这个时：

subprocess.call(['sed', 's/>/>' + value + '_/g', file])

我收到以下错误：

sed: -e expression #1, char 30: unterminated `s' command

输入示例

字典 CSV 文件：

file,Species
GCF_000006175.1_ASM617v2_genomic.faa,Methanococcus voltae
GCF_000006805.1_ASM680v1_genomic.faa,Halobacterium sp.

我要搜索和替换的文件，例如文件名 GCF_000006175.1_ASM617v2_genomic.faa：

>NZ_LT985082.1_1_1
EQVWKSIKKYMAYYLFDTIEFMEKLFEKEFYRIVNRDSYYKNWISKFIMIN*
>NZ_LT985082.1_2_1
MKFNISKLWNPTGFFISFFMSFLMPIMFAVPFGYIPIDIFLYQQLIRWPVAYFIVTLIVI
PISLYLAKSFFTFPPTDRFFNPVTFFISLQMSFIMPFLLGYGFGSMSLNILFLMWPMRWV
VAYFMVNFAIRPLSISLARIVFNVEPQHLIIKF*

期望的输出

一个有效的 sed 命令，用 '>' 替换行的每个实例，用 '>' 后跟不带空格的值变量，例如：

>Methanococcus_voltae_NZ_LT985082.1_1_1
EQVWKSIKKYMAYYLFDTIEFMEKLFEKEFYRIVNRDSYYKNWISKFIMIN*
>Methanococcus_voltae_NZ_LT985082.1_2_1
MKFNISKLWNPTGFFISFFMSFLMPIMFAVPFGYIPIDIFLYQQLIRWPVAYFIVTLIVI
PISLYLAKSFFTFPPTDRFFNPVTFFISLQMSFIMPFLLGYGFGSMSLNILFLMWPMRWV
VAYFMVNFAIRPLSISLARIVFNVEPQHLIIKF*

【问题讨论】：

在 subprocess.call() 上尝试 shell=True

标签： python sed subprocess

【解决方案1】：

问题是从 csv 文件中提取了换行符。我解决了它：

import sys
import subprocess

speciesdictfile = open("speciesfiletest.csv",'r')

file = sys.argv[1]

dict = {}

for line in speciesdictfile:
    fields = line.rstrip().split(',')
    dict[fields[0]] = fields[1]


for line in file:
    for key, value in dict.items():
        if file == key:
            subprocess.call("sed -e 's/>/>" + value + "_/g' " + file, shell=True)

线

fields = line.rstrip().split(',')

停止存储在字典中的换行符，这允许它们在 subprocess.call sed 命令中使用。

【讨论】：