使用 NetworkX 和 Matplotlib 动画网络增长

Question

我想制作一个随时间增长的图表。

这是我目前所拥有的：

fig = plt.figure()
ims = []
graph = nx.Graph()
for i in range(50):
    // Code to modify Graph
    nx.draw(graph, pos=nx.get_node_attributes(graph,'Position'))
    im = plt.draw()
    self.ims.append([im])
ani = animation.ArtistAnimation(fig, ims, interval=50, blit=True,repeat_delay=1000)
ani.save('dynamic_images.mp4')
plt.show()

但是，我收到以下错误消息：

 File "main.py", line 204, in <module>
    repeat_delay=1000)
  File "/usr/lib/pymodules/python2.7/matplotlib/animation.py", line 356, in __init__
    TimedAnimation.__init__(self, fig, *args, **kwargs)
  File "/usr/lib/pymodules/python2.7/matplotlib/animation.py", line 304, in __init__
    Animation.__init__(self, fig, event_source=event_source, *args, **kwargs)
  File "/usr/lib/pymodules/python2.7/matplotlib/animation.py", line 53, in __init__
    self._init_draw()
  File "/usr/lib/pymodules/python2.7/matplotlib/animation.py", line 363, in _init_draw
    artist.set_visible(False)
AttributeError: 'NoneType' object has no attribute 'set_visible'
nicomoto@nicomoto-VirtualBox:~/Desktop/CS8903-SpecialProblem/Code/

我想要的是一个动画，你可以在其中看到图形的增长。我可以在每个阶段保存图表，也许可以在 matplotlib 之外创建动画，但是有什么办法让它像这样工作吗？

Answer 1

经过审查，该代码与我想象的这个问题的相关性并不高。但是，我可以使用this SO answer 和this SO answer 为您拼凑出答案。下面的代码将创建一个图形，向其中添加 50 个随机节点和 50 个随机边，并在添加每个节点和边后显示图形的图像。代码中的一些关键更改：

1. 此代码基于使用 pylab.ion()（有关详细信息，请参阅 here）。
2. 您的代码尝试使用一个图形并更改其中的图像。此代码为每一帧创建一个新图形。
3. 此代码不会写入 .mp4。如果您确实需要这样做，我建议您在渲染时将这些数字写入 .png 文件，然后再转换为 mp4。
4. 请注意，此代码使用matplotlib.pyplot.pause() 而不是time.sleep()。如果您使用time.sleep()，这些数字将不会呈现。

祝你好运！

import random
import pylab
from matplotlib.pyplot import pause
import networkx as nx
pylab.ion()

graph = nx.Graph()
node_number = 0
graph.add_node(node_number, Position=(random.randrange(0, 100), random.randrange(0, 100)))

def get_fig():
    global node_number
    node_number += 1
    graph.add_node(node_number, Position=(random.randrange(0, 100), random.randrange(0, 100)))
    graph.add_edge(node_number, random.choice(graph.nodes()))
    fig = pylab.figure()
    nx.draw(graph, pos=nx.get_node_attributes(graph,'Position'))
    return fig

num_plots = 50;
pylab.show()

for i in range(num_plots):

    fig = get_fig()
    fig.canvas.draw()
    pylab.draw()
    pause(2)
    pylab.close(fig)

Answer 2

brtlance 的改进版本。希望它会有所帮助。它会显示动画，但不会显示一张接一张的照片。

还是不知道题主如何 Animate drawing networkx edges 利用matplotlib的动画

#!/usr/bin/env python
import random
import pylab
from matplotlib.pyplot import pause
import networkx as nx
pylab.ion()

graph = nx.Graph()
node_number = 0
graph.add_node(node_number, Position=(random.randrange(0, 100), random.randrange(0, 100)))

def get_fig():
    global node_number
    node_number += 1
    graph.add_node(node_number, Position=(random.randrange(0, 100), random.randrange(0, 100)))
    graph.add_edge(node_number, random.choice(graph.nodes()))
    nx.draw(graph, pos=nx.get_node_attributes(graph,'Position'))

num_plots = 50;
pylab.show()

for i in range(num_plots):

    get_fig()
    pylab.draw()
    pause(2)

Answer 3

由于现有答案已经很老了，这里有一个版本的代码在当前版本的 matplotlib 和 networkx 下的样子。

import random
import networkx as nx
import matplotlib.pyplot as plt

graph = nx.Graph()
num_plots = 50
for node_number in range(num_plots):
    graph.add_node(node_number, Position=(random.randrange(0, 100), random.randrange(0, 100)))
    graph.add_edge(node_number, random.choice(list(graph.nodes())))
    nx.draw(graph, pos=nx.get_node_attributes(graph,'Position'))
    plt.pause(0.5)