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Question

我的工作是根据论文的规范遵循不同命令的管道。但是，有一个命令可以更改染色体名称。这个命令太复杂了，对我来说是一个真正的挑战。

$ cat < (head -50 Nipponbare_indel.vcf | grep ’#’ | sed ’s/ID=\([0-9][0-9]*\)/ID=Chr\1/g’ | cut -f1-8) < (grep -v ’#’ Nipponbare_indel.vcf | cut -f1-8 | sed ‘s/^\([0-9]*\)/Chr\1/g’) < (grep -v ’#’ NB_final_snp.vcf | cut -f1-8 | sed ’s/^\([0-9]*\)/Chr\1/g’) > Nipponbare_indel_SNP.vcf

输出：'意外单词的语法错误（'

echo $SHELL 给/bin/bash

有人看出错误了吗？

Answer 1

Bash 有一个特殊的语法（进程替换）<(command)，< 和 ( 之间没有空格。 删除这些空格。
加上一些换行符：

cat <(head -50 Nipponbare_indel.vcf | grep ’#’ | 
      sed ’s/ID=\([0-9][0-9]*\)/ID=Chr\1/g’ | cut -f1-8) \
    <(grep -v ’#’ Nipponbare_indel.vcf | cut -f1-8 | 
      sed ‘s/^\([0-9]*\)/Chr\1/g’) \
    <(grep -v ’#’ NB_final_snp.vcf | cut -f1-8 | 
      sed ’s/^\([0-9]*\)/Chr\1/g’) > Nipponbare_indel_SNP.vcf

在上面的命令中我没有修复错误的单引号。

其实这里不需要使用进程替换，直接写就行了

indel=Nipponbare_indel.vcf
snp=NB_final_snp.vcf
outfile=Nipponbare_indel_SNP.vcf

head -50 "${indel}" | grep ’#’ | 
   sed 's/ID=\([0-9][0-9]*\)/ID=Chr\1/g' | cut -f1-8 > "${outfile}"
grep -v '#' "${indel}" | cut -f1-8 | 
   sed 's/^\([0-9]*\)/Chr\1/g' >> "${outfile}"
grep -v '#' "${snp}" | cut -f1-8 | 
   sed 's/^\([0-9]*\)/Chr\1/g' >> "${outfile}"

现在您想删除重复的代码，但如果没有示例输入和输出文件，您还不清楚您想要什么。在包含以ID=(digits) 开头的所有注释字段的原始代码“Chr”中，第二个和第三个sed 是错误的：

sed 's/^\([0-9]*\)/Chr\1/g' inputfile

* 允许 0 或更多数学运算，导致为所有非空行插入 Chr。全局标志 /g 无效，因为 ^ 与行首匹配。
当你想在该行的第一个数字序列之前插入Chr，你可以搜索第一个数字并使用

indel=Nipponbare_indel.vcf
snp=NB_final_snp.vcf
tmpfile=NB_parsing.tmp
outfile=Nipponbare_indel_SNP.vcf

head -50 "${indel}" | grep ’#’ > "${tmpfile}"
grep -v '#' "${indel}" >> "${tmpfile}"
grep -v '#' "${snp}" >> "${tmpfile}"
cut -f1-8 "${tmpfile}" | sed 's/[0-9]/Chr&/' >> "${outfile}"
rm "${tmpfile}"