awk 将 file1 与 file2 匹配并输出匹配答案

【问题标题】：awk to match file1 with file2 and output matchesawk 将 file1 与 file2 匹配并输出匹配
【发布时间】：2016-01-02 16:27:49
【问题描述】：

我正在尝试使用 awk 将 file1 与 file2 匹配，并在单独的文件中打印匹配的行。 File1 约为 4MB，我收到以下错误，我似乎无法修复它。谢谢你:)。

awk 'NR==FNR{c[$0]; next} ($0 in c)' RS="," file1.txt RS="\n" file2.txt > match.txt

awk：超出程序限制：最大字段数 size=32767 FILENAME="sort.2.txt" FNR=1 NR=1

文件1

chr1:3063265-3063458 AVP:exon.3 8.55959
chr1:947806-947967 RSPO4:exon.3 246.54
chr2:12758246-12758422 CTD-2192J16.22:exon.2;MAN2B1:exon.1;MAN2B1:exon.20;MAN2B1:exon.22 221.483
chr2:57975642-57975745 KIF5A:exon.1;KIF5A:exon.23;KIF5A:exon.26 222.932

文件2

AVP
KIF5A

期望的输出

chr1:3063265-3063458 AVP:exon.3 8.55959
chr2:57975642-57975745 KIF5A:exon.1;KIF5A:exon.23;KIF5A:exon.26 222.932

【问题讨论】：

为 sort.2.txt 设置 RS="," 看起来有点可疑。这真的是你想做的吗？在 awk 找到逗号之前，所有内容都将被视为一个字段，并且我在您的示例文件中看不到任何逗号。（如果您将示例文件命名为与命令中相同的名称，也会有所帮助。）
我已重命名文件名以匹配。我道歉，因为我认为我这样做了。我将从 file1 中删除 RS=","，因为我试图在单独的文件中输出与 file2 匹配的每一行（匹配）。谢谢你:)。
可以更简单，试试grep -Ff file2 file1。

标签： awk

【解决方案1】：

你可以试试，

awk '
    FNR==NR{d[$0]; next;}          #Store each key to find, from file2
    {                              #for each line in file1
        for(k in d){               #for each key in d (file2)
            pat="(^|;)"k":";       #pattern to search (regular expression)
            if($2 ~ pat){
                print;             #print if match with RE
                break;
            }
        }
    }' file2 file1

你明白了，

chr1:3063265-3063458 AVP:exon.3 8.55959 chr2:57975642-57975745 KIF5A:exon.1;KIF5A:exon.23;KIF5A:exon.26 222.932

【讨论】：