我不太擅长 shell 脚本，想问你一些关于文件大数据集循环的问题：在我的示例中，我在工作目录中有很多具有通用 .pdb 扩展名的文件。我需要循环所有这些，并且 i）打印每个循环文件的名称（w.o pdb 扩展名）并在此之后进行一些操作。例如，我需要使用每个文件的名称为工作目录之外的每个文件创建新目录，并将该文件复制到该目录。您可以在下面看到我的代码示例不起作用 - 它没有向我显示文件的名称，也没有为每个文件创建文件夹。请纠正它并告诉我我错在哪里
#!/bin/bash
# set the work dir
receptors=./Receptors
for pdb in $receptors
do
filename=$(basename "$pdb")
echo "Processing of $filename file"
cd ..
mkdir ./docking_$filename
done
非常感谢您的帮助，
格莱布
【问题讨论】：
要仅列出扩展名为 .pdb 的文件，请使用 $receptors/*.pdb
所以不要只在 for 循环中给出路径，而是给出：
for pdb in $receptors/*.pdb
删除扩展：
将变量 ext 设置为要删除的扩展名，并使用 shell 扩展运算符“%”从文件名中删除扩展名，例如：
ext=.pdb
filename=${filename%${ext}}
您可以在不更改当前目录的情况下创建新目录：
所以要在当前目录之外创建一个目录，请使用以下命令
mkdir ../docking_$文件名
并使用 cp 命令将文件复制到新目录中
修正后 您的脚本应如下所示：
receptors=./Receptors
ext=.pdb
for pdb in $receptors/*.pdb
do
filename=$(basename "$pdb")
filename=${filename%${ext}}
echo "Processing of $filename file"
mkdir ../docking_$filename
cp $pdb ../docking_$filename
done
【讨论】：
如果您的所有文件都包含在 .Repectors 文件夹中，您可以像这样循环每个文件：
#!/bin/bash
for pdb in ./Receptors/*.pdb ; do
filename=$(basename "$pdb")
filenamenoextention=${filename/.pdb/}
mkdir "../docking_${filenamenoextention}"
done
顺便说一句：
filenamenoextention=${filename/.pdb/}
是否在变量$pdb 中进行搜索替换。语法为 ${myvariable/FOO/BAR}，并将$myvariable 中的所有“FOO”子字符串替换为“BAR”。在您的情况下，它将“.pdb”替换为什么都没有，有效地将其删除。
另外，更安全（如果$filename 包含多个".pdb"-子字符串）是删除最后四个字符，如下所示：filenamenoextention=${filename:0:-4}
这里的语法是${myvariable:s:e}，其中s 和e 对应于开始和结束索引的数字（不包括在内）。它还允许您使用负数，即从末尾开始的偏移量。换句话说：${filename:0:-4} 说：从索引 0 开始从 $filename 中提取子字符串，直到到达倒数第四个字符。
您的脚本遇到的一些问题：
for pdb in ./Receptors 仅循环 "./Receptors"，而不是文件夹中的每个文件。
当您更改到父目录 (cd ..) 时，您会为当前的 shell 会话执行此操作。这意味着您每次都继续访问父目录。相反，您可以在 mkdir 调用中指定父目录。例如mkdir ../thedir
【讨论】：
$filenamenoextention 将包含 ./Receptors/filename - 这是不正确的。
$(basename "$pdb") 因为文件名可以包含 <spaces> ;) - 同样，在 mkdir...
bash，除非你有充分的理由不这样做。似乎特别应该避免csh。
您正在遍历一个单项列表，我认为您想要获得的是 ./Receptors 的 content 列表：
...
for pdb in $receptors/*
...
【讨论】：