while 循环中的 sed 命令不写入输出答案

【问题标题】：sed command within a while loop doesn't write outputwhile 循环中的 sed 命令不写入输出
【发布时间】：2021-02-04 21:09:55
【问题描述】：

我有这个输入文件

gb|KY798440.1|
gb|KY842329.1|
MG082893.1
MG173246.1

我想获取“|”之间的所有字符如果没有“|”，则为整行。这是一个期望的输出，看起来像

KY798440.1
KY842329.1
MG082893.1
MG173246.1

我写道：

while IFS= read -r line; do
    if [[ $line == *\|* ]] ; then
    sed 's/.*\|\(.*\)\|.*/\1/' <<< $line >> output_file
    else echo $line >> output_file
     fi
done < input_file

这给了我

empty line
empty line
MG082893.1
MG173246.1

（注意：empty line 表示实际的空行 - 它实际上并不写“空行”）

sed 命令适用于单个示例（即sed 's/.*\|$.*$\|.*/\1/' <<< "gb|KY842329.1|" 输出KY842329.1），但在循环中它只执行一行返回。 else echo $line >> output_file 似乎有效。

【问题讨论】：

为什么要使用 while/read 循环而不是让 sed 处理文件？

标签： bash sed while-loop

【解决方案1】：

裸 sed：

$ sed 's/^[^|]*|\||[^|]*$//g' file

输出：

KY798440.1
KY842329.1
MG082893.1
MG173246.1

【讨论】：

哦，太尴尬了。我以为我试过了……不过还是谢谢！

【解决方案2】：

你可以的

sed '/|/s/[^|]*|\([^|]*\)|.*/\1/' input

或

awk 'NF>1 {print $2} NF < 2 { print $1}' FS=\| input

或

sed -e 's/[^|]*|//' -e 's/|.*//' input

【讨论】：